Dies ist der Befehl primer3_core, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
primer3_core – Entwirft Primer für die PCR
ZUSAMMENFASSUNG
primer3_core [-format_output] [-strict_tags] [ Eingabedatei]
BESCHREIBUNG
primer3_core wählt Primer für PCR-Reaktionen aus und berücksichtigt dabei Oligonukleotide als Kriterium
Schmelztemperatur, Größe, GC-Gehalt und Primer-Dimer-Möglichkeiten, PCR-Produktgröße,
Positionsbeschränkungen innerhalb der Quellsequenz und verschiedene andere Einschränkungen.
Standardmäßig akzeptiert primer3_core Eingaben und erzeugt Ausgaben im Boulder-io-Format, einem Vor-XML-Format
Textbasiertes Eingabe-/Ausgabeformat für den Programm-zu-Programm-Datenaustausch. Der
Das Boulder-io-Format und die Befehle, die primer3_core versteht, werden im beschrieben
README Datei, die auf Debian-Systemen in zu finden ist /usr/share/doc/primer3/.
OPTIONAL
-format_output
Druckt einen benutzerorientierteren Bericht für jede Sequenz.
-strict_tags
primer3_core gibt ein Echo aus und ignoriert alle Tags, die es nicht erkennt, es sei denn, das
-strict_tags Das Flag wird in der Befehlszeile gesetzt. In diesem Fall gibt primer3_core ein aus
Fehler im PRIMER_ERROR-Ausgabetag und gibt zusätzliche Informationen auf stdout aus;
Diese Option kann für das Debuggen von Systemen nützlich sein, die Primer enthalten.
Note
Das alte Flag -2x_compat wird nicht mehr unterstützt.
EXIT STATUS CODES
· 0 im Normalbetrieb.
· -1 unter den folgenden Bedingungen: ungültige Befehlszeilenargumente, nicht möglich, zu leeren
stdout, eine .for-, .rev- oder .int-Datei kann nicht geöffnet (zum Schreiben und Erstellen) werden (wahrscheinlich).
aufgrund eines Schutzproblems).
· -2 bei nicht genügend Arbeitsspeicher.
· -3 leere Eingabe.
· -4-Fehler in einem „Global“-Eingabetag (Meldung in PRIMER_ERROR).
REFERENCE
Bitte zitieren Sie Rozen, S., Skaletsky, H. „Primer3“ im WWW für allgemeine Benutzer und für
Biologe und Programmierer.“ In S. Krawetz und S. Misener, Hrsg. Bioinformatics Methods and
Protokolle in der Reihe Methoden der Molekularbiologie. Humana Press, Totowa, NJ, 2000,
Seiten 365-386.
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