Dies ist die Befehlsgrundlage, die im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Primer - Einfache Version von Primer3 zum Auswählen von PCR-Primern
ZUSAMMENFASSUNG
Primer -Reihenfolge Fortsetzung [-Zielregion Angebot] [-Mindestgröße ganze Zahl] [-maximale Größe ganze Zahl]
[-maxdifftm schweben] [-Erklärflagge boolean] [-ZahlRückgabe ganze Zahl] -outfile Outfile
Primer -Hilfe
BESCHREIBUNG
Primer ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Nucleic:Primers".
OPTIONAL
zufuhr Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung
Die Sequenz, aus der Primer ausgewählt werden sollen. Die Sequenz muss 5' -> 3' dargestellt werden
Zusätzliche Abschnitt
-Zielregion Angebot
Wenn ein oder mehrere Targets angegeben sind, muss ein zulässiges Primerpaar mindestens eines flankieren
von ihnen. Ein Ziel kann eine einfache Sequenzwiederholungsstelle sein (z. B. eine CA-Wiederholung) oder
ein Einbasenpaar-Polymorphismus. Der Wert sollte eine durch Leerzeichen getrennte Liste von sein
, Paare, wo der Index der ersten Basis eines Targets ist und
ist das letzte Beispiel 50,51 erfordert Primer, um die 2 Basen an den Positionen 50 . zu umgeben
und 51.
-Mindestgröße ganze Zahl
Mindestens akzeptable Länge eines Primers. Muss größer als 0 und kleiner oder gleich sein
auf MAX-GRÖSSE. Standardwert: 18
-maximale Größe ganze Zahl
Maximal akzeptable Länge (in Basen) eines Primers. Derzeit kann dieser Parameter nicht sein
größer als 35. Diese Grenze wird durch die maximale Oligogröße bestimmt, für die Primer3
Schmelztemperatur gilt. Standardwert: 27
-maxdifftm schweben
Maximal akzeptabler (vorzeichenloser) Unterschied zwischen den Schmelztemperaturen der
Vorwärts- und Rückwärtsprimer. Standardwert: 100.0
Output Abschnitt
-Erklärflagge boolean
Wenn dieses Flag nicht 0 ist, erzeugen Sie LEFT-EXPLAIN- und RIGHT-EXPLAIN-Ausgaben, die sind
soll Auskunft über die Anzahl der Primerpaare geben, die Primer3 untersucht hat,
und Statistiken über die aus verschiedenen Gründen verworfene Anzahl. Standardwert: N
-ZahlRückgabe ganze Zahl
Die maximale Anzahl von Primerpaaren, die zurückgegeben werden sollen. Zurückgegebene Primerpaare werden sortiert nach
ihre 'Qualität', mit anderen Worten durch den Wert der Zielfunktion (wobei ein niedrigeres
Zahl zeigt ein besseres Primerpaar an). Achtung: Setzen Sie diesen Parameter auf einen großen
Wert erhöht die Laufzeit. Standardwert: 5
-outfile Outfile
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