Dies ist der Befehl rdp_classifier, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
rdp_classifier – taxonomische Zuordnung aus der Sequenzierung der nächsten Generation
VERWENDUNG:
rdp_classifier [-F ] [-G ] [-Ö ] [-Q ] [-T ] [-w ]
BESCHREIBUNG
Der RDP-Klassifikator ist ein naiver Bayes'scher Klassifikator, der schnell und genau Daten liefern kann
taxonomische Zuordnungen von Domäne zu Gattung, mit Konfidenzschätzungen für jede Zuordnung.
-f,--Format
Alle tabulatorgetrennten Ausgabeformate: [allrank|fixrank|db]. Der Standardwert ist allrank.
allrank: gibt die Ergebnisse für alle angewendeten Ränge für jede Sequenz aus: seqname,
Orientierung, Taxonname, Rang, Konf., ... fixrank: gibt nur die Ergebnisse für aus
feste Ränge in der Reihenfolge: Domäne, Stamm, Klasse, Ordnung, Familie, Gattung db: gibt die aus
seqname, trainset_no, tax_id, conf. Dies eignet sich gut zum Speichern in einer Datenbank
-g,--Gen
16srrna|fungallsu, das Standardtrainingsmodell für 16S-rRNA- oder Fungal-LSU-Gene.
Diese Option wird durch überschrieben --train_propfile ganz ohne irgendetwas tun oder drücken zu müssen.
-o,--outputFile
Name der Ausgabedatei für die Klassifizierungszuordnung
-q,--queryFile
Die Abfragedatei enthält Sequenzen in einem der folgenden Formate: Fasta, Genbank und
EMBL
-t,--train_propfile
Geben Sie eine Eigenschaftsdatei an, die die Zuordnung der Trainingsdateien enthält, sofern sie vorhanden ist
außerhalb von data/classifier/. Hinweis: Die Trainingsdateien und die Eigenschaftendatei sollten
im selben Verzeichnis liegen. Die Standardeigenschaftendatei ist auf eingestellt
data/classifier/16srrna/rRNAClassifier.properties.
-w,--minWords
Mindestanzahl von Wörtern für jeden Bootstrap-Versuch, Standard ist 1/8 der Wörter.
Mindestens 5
Verwenden Sie rdp_classifier online über die Dienste von onworks.net
