Dies ist der Befehl readseq, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
readseq - Liest und schreibt Nuklein-/Proteinsequenzen in verschiedenen Formaten
ZUSAMMENFASSUNG
readseq [-Optionen] in.seq > aus.seq
BESCHREIBUNG
Diese Handbuchseite dokumentiert kurz die readseq Befehl. Diese Handbuchseite wurde geschrieben für
die Debian GNU/Linux-Distribution, da das Originalprogramm kein Handbuch hat
Seite. Stattdessen gibt es eine Dokumentation in Textform, siehe unten.
readseq liest und schreibt Biosequenzen (Nuklein/Protein) in verschiedenen Formaten. Datei
kann mehrere Folgen haben. readseq ist besonders nützlich, da es automatisch erkennt
viele Sequenzformate und wandelt sie ineinander um.
FORMATEN
Formate, die readseq derzeit versteht:
* IG/Stanford, verwendet von Intelligenetics und anderen
* GenBank/GB, Genbank-Flatfile-Format
* NBRF-Format
* EMBL, EMBL Flatfile-Format
* GCG, Einzelsequenzformat der GCG-Software
* DNAStrider, für gängige Mac-Programme
* Fitch-Format, eingeschränkte Nutzung
* Pearson/Fasta, ein gängiges Format, das von Fasta-Programmen und anderen verwendet wird
* Zuker-Format, eingeschränkte Nutzung. Nur Eingabe.
* Olsen, vom Olsen VMS-Sequenzeditor gedrucktes Format. Nur Eingabe.
* Phylip3.2, sequentielles Format für Phylip-Programme
* Phylip, Interleaved-Format für Phylip-Programme (v3.3, v3.4)
* Plain/Raw, nur Sequenzdaten (kein Name, Dokument, Nummerierung)
+ MSF-Multisequenzformat, das von der GCG-Software verwendet wird
+ PAUPs Multiple Sequence (NEXUS)-Format
+ PIR/CODATA-Format, das von PIR verwendet wird
+ ASN.1-Format, das von NCBI verwendet wird
+ Hübscher Druck mit verschiedenen Optionen für eine gut aussehende Ausgabe. Nur Ausgabe.
+ LinAll-Format, eingeschränkte Nutzung (LinAll- und ConStruct-Programme)
+ Vienna-Format, das von ViennaRNA-Programmen verwendet wird
Einzelheiten zu den Dateiformaten finden Sie in der mitgelieferten Datei "Formate".
OPTIONAL
-Hilfe Zusammenfassung der Optionen anzeigen.
-alle] Alle Sequenzen auswählen
-c[unten]
Wechseln Sie in Kleinbuchstaben
-C[ASEUPPER]
Zu GROSSBUCHSTABEN wechseln
-degap[=-]
Lückensymbole entfernen
-i[tem=2,3,4]
Artikelnummer(n) aus mehreren auswählen
-aufführen]
Nur Sequenzen auflisten
-o[output=]out.seq
Ausgang umleiten
-Rohr]
Rohr (Befehlszeile, Standard)
-umkehren]
Wechsel zu Reverse-Komplement
-v[erbose]
Ausführlicher Fortschritt
-f[format=]# Format Anzahl für Ausgabe, or
-f[ormat=]Name Formatname für die Ausgabe:
1. IG/Stanford 11. Phylip3.2
2. GenBank/GB 12. Phylip
3. NBRF 13. Normal/Roh
4. EMBL 14. PIR/CODATA
5. GCG 15. Ärzte ohne Grenzen
6. DNAStrider 16. ASN.1
7. Passform 17. PAUP/NEXUS
8. Pearson/Fasta 18. Hübsch (nur draußen)
9. Zuker (nur in) 19. LinAll
10. Olsen (in-only) 20. Wien
Hübsche Formatoptionen:
-wide[th]=#
Sequenzlinienbreite
-tab=# Linker Einzug
-col[Leerzeichen]=#
Spaltenabstand innerhalb der Sequenzzeile bei der Ausgabe
-Lücke[Anzahl]
Lückenzeichen in Sequenznummern zählen
-namelinks, -Namensrecht[=#]
Name links/rechts [=max. Breite]
-nametop
Name oben/unten
-numlinks, -nummerrichtig
Seq-Index auf der linken/rechten Seite
-numtop, -numbot
Index oben/unten
-übereinstimmung[=.]
Matchbase für 2..n Spezies verwenden
-inter[line=#]
Leerzeile(n) zwischen Folgeblöcken
Beispiele:
readseq
-- zur interaktiven Nutzung
readseq my.1st.seq my.2nd.seq -all -format=genbank -output=my.gb
-- Konvertieren Sie alle zwei Eingabedateien in eine Ausgabedatei im Genbank-Format
readseq my.seq -all -form=pretty -nameleft=3 -numleft -numright -numtop -match
-- Ausgabe auf Standardausgabe eine Datei in einem hübschen Format
readseq my.seq -item=9,8,3,2 -degap -CASE -rev -f=msf -out=my.rev
-- Wählen Sie 4 Elemente aus Eingabe, Degap, Umkehrung und Großbuchstaben
cat *.seq | readseq -pipe -all -format=asn > Bündel-of.asn
-- eine Menge Daten durch readseq leiten und alle in asn umwandeln
Verwenden Sie readseq online mit den onworks.net-Diensten
