samtoh5 - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

samtoh5 - Konvertieren Sie eine SAM-Datei in das cmp.h5-Format

ZUSAMMENFASSUNG

samtoh5 in.sam referenz.fasta aus.cmp.h5 [Optionen]

OPTIONAL

in.sam SAM-Datei eingeben.

referenz.fasta
Referenz, die zum Generieren von Lesevorgängen verwendet wird.

aus.cmp.h5
Ausgabedatei cmp.h5.

-smrtTitel
Verwenden Sie diese Option beim Konvertieren von Alignments, die aus Reads generiert wurden, die von der
pls2fasta(1) aus bas.h5-Dateien durch Parsen der Lesekoordinaten aus dem SMRT-Lesevorgang
Titel. Der Titel hat das Format /Name/Loch/Koordinaten, wobei die Koordinaten in
das Format \d+_\d+ und stellt das Intervall des ausgerichteten Lesevorgangs dar.

-readType Wert
Legen Sie den Lesetyp fest: „Standard“, „Strobe“, „CCS“ oder „cDNA“.

-Ausführlichkeit Wert
Stellen Sie die gewünschte Ausführlichkeit ein.

-useShortRefName
Verwenden Sie abgekürzte Referenznamen, die Sie erhalten von Datei.sam anstatt vollständige Namen zu verwenden
von referenz.fasta.

-copyQVs
Kopieren Sie alle in der SAM-Datei verfügbaren QVs in die Datei cmp.h5. Dazu gehören Dinge
wie InsertionQV und DeletionTag.

ANMERKUNG

Da SAM optionale Tags hat, die in verschiedenen Programmen unterschiedliche Bedeutungen haben, ist Vorsicht geboten
Die Verwendung ist erforderlich, um eine ordnungsgemäße Ausgabe zu erzielen. Das "xs"-Tag in bwa-sw wird verwendet, um anzuzeigen
die suboptimale Punktzahl, aber in PacBio SAM (Blasr(1)) es ist als Start in der Abfrage definiert
Reihenfolge der Ausrichtung. Wann -smrtTitel angegeben ist, wird das xs-Tag ignoriert, aber wenn
Wenn es nicht angegeben ist, werden die Koordinaten der Tags xs und xe verwendet, um die
Intervall eines Lesevorgangs, der ausgerichtet ist. Die CIGAR-Zeichenfolge ist relativ zu diesem Intervall.

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