Dies ist der Befehl seqstat, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
seqstat – Statistiken und Format für eine Sequenzdatei anzeigen
ZUSAMMENFASSUNG
seqstat [Optionen] seqfile
BESCHREIBUNG
seqstat liest eine Sequenzdatei seqfile und zeigt eine Reihe einfacher Statistiken darüber.
Die gedruckten Statistiken umfassen den Namen des Formats und den Resttyp des ersten
Sequenz (Protein, RNA oder DNA), die Anzahl der Sequenzen, die Gesamtzahl der Reste,
und der Durchschnitt und Bereich der Sequenzlängen.
OPTIONAL
-a Zeigen Sie zusätzliche ausführliche Informationen an: eine Tabelle mit einer Zeile pro Sequenz zeigt
Name, Länge und Beschreibungszeile. Diesen Zeilen wird ein * vorangestellt
einfach aktivieren grep'sie aussortieren und sortieren.
-h Kurze Hilfe ausdrucken; enthält Versionsnummer und Zusammenfassung aller Optionen, einschließlich
Expertenoptionen.
-B (Babelfisch). Automatisches Erkennen und Lesen eines Sequenzdateiformats, das nicht dem Standardformat entspricht
(FASTA). Nahezu jedes gängige Sequenzdateiformat wird erkannt (einschließlich Genbank,
EMBL, SWISS-PROT, PIR und GCG nicht ausgerichtete Sequenzformate und Stockholm, GCG MSF,
und Cluster-Alignment-Formate). Eine vollständige Liste finden Sie in der gedruckten Dokumentation
der unterstützten Formate.
EXPERTISE OPTIONAL
--informatieren
Geben Sie an, dass die Sequenzdatei das Format hat , anstelle des standardmäßigen FASTA
Format. Gängige Beispiele sind Genbank, EMBL, GCG, PIR, Stockholm, Clustal, MSF,
oder PHYLIP; eine vollständige Liste der akzeptierten Formate finden Sie in der gedruckten Dokumentation
Namen. Diese Option überschreibt das standardmäßig erwartete Format (FASTA) und das -B
Option zur automatischen Erkennung von Babelfish.
--ruhig
Unterdrücken Sie den ausführlichen Header (Programmname, Veröffentlichungsnummer und -datum, Parameter).
und Optionen in Kraft).
Verwenden Sie seqstat online über die Dienste von onworks.net
