showpepe - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

showpep - Zeigt Proteinsequenzen mit Merkmalen in einem hübschen Format an

ZUSAMMENFASSUNG

Abonnieren -Reihenfolge Fortsetzung -Format Liste -Dinge Liste [-Großbuchstaben Angebot] [-Markieren Angebot]
[-Anmerkung Angebot] [-Quellenübereinstimmung Schnur] [-typematch Schnur] [-Minuspunkt schweben]
[-Maximale Punktzahl schweben] [-Tagübereinstimmung Schnur] [-Wertübereinstimmung Schnur] [-strenge Tags boolean]
-Dreier boolean -Nummer boolean -Breite ganze Zahl -Länge ganze Zahl
-Rand ganze Zahl -Name boolean -Bezeichnung boolean -Versatz ganze Zahl -html boolean
-outfile Outfile

Abonnieren -Hilfe

BESCHREIBUNG

Abonnieren ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) „Anzeige“.

OPTIONAL

Eingang Abschnitt
-Reihenfolge Fortsetzung

Erforderlich Abschnitt
-Format Liste
Standardwert: 2

-Dinge Liste
Geben Sie eine Liste mit einem oder mehreren Codezeichen in der gewünschten Reihenfolge an
übereinander auf der Seite angezeigt werden. Zum Beispiel, wenn Sie Dinge sehen möchten
in der Reihenfolge angezeigt: Sequenz, Teilstrichzeile, Leerzeile; dann sollten Sie eingeben
Standardwert: B,N,T,S,A,F

Zusätzliche Abschnitt
-Großbuchstaben Angebot
Regionen, die in Großbuchstaben geschrieben werden sollen. Wenn dies leer bleibt, wird der Sequenzfall gelassen
allein. Ein Satz von Regionen wird durch einen Satz von Positionspaaren spezifiziert. Die Stellen sind
ganze Zahlen. Sie werden durch ein beliebiges Nicht-Ziffern-, Nicht-Alpha-Zeichen getrennt. Beispiele für Regionen
Spezifikationen sind: 24-45, 56-78 1:45, 67=99;765..888 1,5,8,10,23,45,57,99

-Markieren Angebot
Bereiche, die bei der Formatierung für HTML eingefärbt werden sollen. Wenn dies leer bleibt, ist die Sequenz
allein gelassen. Ein Satz von Regionen wird durch einen Satz von Positionspaaren spezifiziert. Die
Positionen sind ganze Zahlen. Danach folgt eine beliebige gültige HTML-Schriftfarbe. Beispiele von
Regionsspezifikationen sind: 24-45 Blau 56-78 Orange 1-100 Grün 120-156 Rot Eine Datei mit
Farbbereiche (ein Bereich pro Zeile) können als '@Dateiname' angegeben werden.

-Anmerkung Angebot
Bereiche, die durch Markieren mit Anmerkungen versehen werden sollen. Wenn dies leer gelassen wird, wird keine Anmerkung hinzugefügt. EIN
Der Satz von Regionen wird durch einen Satz von Positionspaaren gefolgt von optionalem Text angegeben.
Die Positionen sind ganze Zahlen. Es folgt ein beliebiger Text (aber keine Ziffern, wenn auf der
Befehlszeile). Beispiele für Regionsspezifikationen sind: 24-45 neue Domain 56-78 Übereinstimmung mit
Maus 1-100 Erster Teil 120-156 Oligo Eine Datei mit Bereichen zum Kommentieren (ein Bereich pro Zeile)
kann als '@Dateiname' angegeben werden.

Merkmal Display Optionen
-Quellenübereinstimmung Schnur
Standardmäßig wird jede Feature-Quelle in der Feature-Tabelle angezeigt. Sie können dies entsprechend einstellen
jede Feature-Quelle, die Sie anzeigen möchten. Der Quellname ist normalerweise entweder der Name des
Programm, das das Merkmal erkannt hat, oder es ist die Merkmalstabelle (zB: EMBL), die das
Funktion kam. Die Quelle kann durch Verwendung von '*' mit Platzhaltern versehen werden. Wenn Sie mehr zeigen möchten
als eine Quelle, trennen Sie ihre Namen mit dem Zeichen '|', zB: gene* | embl Standard
Wert: *

-typematch Schnur
Standardmäßig wird jeder Feature-Typ in der Feature-Tabelle angezeigt. Sie können dies entsprechend einstellen
einen beliebigen Feature-Typ, den Sie anzeigen möchten. Sehen http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ für eine Liste
der EMBL-Funktionstypen und siehe Anhang A des Swissprot-Benutzerhandbuchs in
http://www.expasy.org/sprot/userman.html für eine Liste der Swissprot-Feature-Typen.
Der Typ kann mit '*' mit Platzhaltern versehen werden. Wenn Sie mehr als einen Typ anzeigen möchten,
trennen ihre Namen mit dem Zeichen '|', zB: *UTR | intron Standardwert: *

-Minuspunkt schweben
Mindestpunktzahl der anzuzeigenden Funktion (siehe auch maxscore) Standardwert: 0.0

-Maximale Punktzahl schweben
Maximale Punktzahl der anzuzeigenden Funktion. Wenn sowohl Minscore als auch Maxscore null sind (die
Standardwert), dann wird jede Punktzahl ignoriert Standardwert: 0.0

-Tagübereinstimmung Schnur
Tags sind die Arten von zusätzlichen Werten, die ein Feature haben kann. Standardmäßig ist jedes Feature-Tag
in der Feature-Tabelle angezeigt. Sie können dies so einstellen, dass es mit jedem gewünschten Feature-Tag übereinstimmt
anzeigen. Das Tag kann mit '*' als Platzhalter verwendet werden. Wenn Sie mehr als ein Tag anzeigen möchten,
Trennen Sie ihre Namen mit dem Zeichen '|', zB: gene | label Standardwert: *

-Wertübereinstimmung Schnur
Tag-Werte sind die Werte, die einem Feature-Tag zugeordnet sind. Tags sind die Arten von Extras
Werte, die ein Feature haben kann. Standardmäßig ist jeder Feature-Tag-Wert in der Feature-Tabelle
wird angezeigt. Sie können dies so einstellen, dass es mit jedem Feature-Tag-Wert übereinstimmt, den Sie anzeigen möchten. Das Tag
Der Wert kann durch '*' als Platzhalter verwendet werden. Wenn Sie mehr als einen Tag-Wert anzeigen möchten,
Trennen Sie ihre Namen mit dem Zeichen '|', zB: pax* | 10 Standardwert: *

-strenge Tags boolean
Wenn ein Tag/Wert-Paar in einem Feature mit dem angegebenen Tag und Wert übereinstimmt,
dann werden alle Tags/Wert-Paare dieser Funktion angezeigt. Wenn dies auf eingestellt ist
true, dann nur die Tag/Wert-Paare in einem Feature, die mit dem angegebenen Tag übereinstimmen und
Wert wird angezeigt. Standardwert: N

Erweitert Abschnitt
-Dreier boolean
Standardwert: N

-Nummer boolean
Standardwert: N

-Breite ganze Zahl
Standardwert: 60

-Länge ganze Zahl

-Rand ganze Zahl
Standardwert: 10

-Name boolean
Setzen Sie dies auf false, wenn Sie den ID-Namen der Sequenz nicht anzeigen möchten Standard
Wert: Y

-Bezeichnung boolean
Setzen Sie dies auf false, wenn Sie die Beschreibung der Sequenz nicht anzeigen möchten
Standardwert: Y

-Versatz ganze Zahl
Standardwert: 1

-html boolean
Standardwert: N

Ausgang Abschnitt
-outfile Outfile

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