Dies ist die Befehlssichel, die im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider über eine unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Sichel - adaptives Trimmen mit Fenstern für FASTQ-Dateien mit Qualität
ZUSAMMENFASSUNG
Sichel [Optionen]
BESCHREIBUNG
## Verwendungszweck
Sickle hat zwei Modi, um sowohl mit Paired-End- als auch Single-End-Lesevorgängen zu arbeiten: `Sickle se` und
`Sichelpe`.
Das Ausführen von Sichel selbst druckt die Hilfe:
Sichel
Das Ausführen von Sichel mit den Befehlen "se" oder "pe" bietet spezielle Hilfe für diese
Befehle:
Sichel se
Sichel
### Sichel Single End (`Sichel se`)
`sickle se` nimmt eine Eingabe-fastq-Datei und gibt eine gekürzte Version dieser Datei aus. Es auch
hat Optionen zum Ändern der Längen- und Qualitätsschwellenwerte für das Trimmen sowie zum Deaktivieren
5'-Trimmen und Ermöglichen der Trunkierung von Sequenzen mit Ns.
#### Beispiele
Sichel se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq
Sichel se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -q 33 -l 40
Sichel se -f input_file.fastq -t illumina -o trimmed_output_file.fastq -x -n
Sichel se -t sanger -g -f input_file.fastq -o trimmed_output_file.fastq.gz
### Sichelpaarendes Ende (`Sichelpe`)
`sickle pe` kann mit zwei Arten von Eingaben arbeiten. Erstens kann es zwei Paired-End-Dateien dauern
als Ein- und Ausgabe zwei getrimmte Paired-End-Dateien sowie eine "Singles"-Datei. Der Zweite
Das Formular beginnt mit einer einzelnen kombinierten Eingabedatei mit Lesevorgängen, die Sie bereits verschachtelt haben
die Reads aus dem Sequenzer. In diesem Formular geben Sie auch einen einzelnen Ausgabedateinamen als
sowie eine "Singles"-Datei. Die "Singles"-Datei enthält Lesevorgänge, die den Filter entweder bestanden haben
die Vorwärts- oder Rückwärtsrichtung, aber nicht die andere. Schließlich gibt es noch eine Option (-M) um
nur eine verschachtelte Ausgabedatei erzeugen, in der alle Lesevorgänge, die den Filter nicht bestanden haben,
Ausgabe als FastQ-Datensatz mit einem einzelnen "N" (dessen Qualitätswert der niedrigstmögliche ist
basierend auf dem Qualitätstyp), wodurch die gepaarte Natur der Daten erhalten bleibt. Du kannst auch
Ändern Sie die Längen- und Qualitätsschwellen für das Trimmen, sowie deaktivieren Sie das 5'-Trimming und
ermöglichen das Abschneiden von Sequenzen mit Ns.
#### Beispiele
Sichel pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t Sänger -o
getrimmte_Ausgabedatei1.fastq -p getrimmte_Ausgabedatei2.fastq -s getrimmte_Einzeldatei.fastq
Sichel pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t Sänger -o
getrimmte_Ausgabedatei1.fastq -p getrimmte_Ausgabedatei2.fastq -s getrimmte_Einzeldatei.fastq
-q 12 -l 15
Sichel pe -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -t Sänger -o
getrimmte_Ausgabedatei1.fastq -p getrimmte_Ausgabedatei2.fastq -s getrimmte_Einzeldatei.fastq
-n
Sichel pe -c combo.fastq -t sanger -m combo_trimmed.fastq -s
getrimmte_singles_file.fastq -n
Sichel pe -t sanger -g -f input_file1.fastq -r input_file2.fastq -o
getrimmte_Ausgabedatei1.fastq.gz -p getrimmte_Ausgabedatei2.fastq.gz -s
getrimmte_singles_file.fastq.gz
Sichel pe -c combo.fastq -t sanger -M combo_trimmed_all.fastq
Befehl: pe Paired-End-Sequenztrimmen se Single-End-Sequenztrimmen
--help, diese Hilfe anzeigen und beenden --Version, Versionsinformationen ausgeben und beenden
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