Dies ist der Befehl soapdenovo2, der im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows Online-Emulator oder MAC OS Online-Emulator ausgeführt werden kann.
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
soapdenovo2 - Methode zur Kurzleseassemblierung, mit der eine De-novo-Entwurfsassemblierung erstellt werden kann
ZUSAMMENFASSUNG
Soapdenovo_63mer Soapdenovo_127mer
Einführung
SOAPdenovo ist eine neuartige Short-Read-Assembly-Methode, mit der ein De-novo-Entwurfsassembly erstellt werden kann
für die Genome in Menschengröße. Das Programm ist speziell für die Montage von Illumina GA konzipiert
kurze Lektüre. Es schafft neue Möglichkeiten zum Aufbau und Transport von Referenzsequenzen
genaue Analysen unerforschter Genome auf kostengünstige Weise durchzuführen.
1) Unterstützt große Kilometer bis zu 127, um lange Lesevorgänge zu nutzen. Es stehen drei Versionen zur Verfügung.
I. Die 31mer-Version unterstützt nur kmer <=31.
II. Die 63mer-Version unterstützt kmer nur <=63 und verdoppelt den Speicherverbrauch
31mer-Version, wird sogar mit kmer <=31 verwendet.
III. Die 127mer-Version unterstützt kmer nur <=127 und verdoppelt den Speicherverbrauch
63mer-Version, wird sogar mit kmer <=63 verwendet.
Bitte beachten Sie, dass bei längeren Kilometern die Anzahl der Knoten erheblich abnehmen würde.
Daher ist der Speicherverbrauch bei der verschobenen Version normalerweise kleiner als das Doppelte.
Weitere Informationen finden Sie im HANDBUCH in /usr/share/doc/soapdenovo2 oder auf soapdenovo
Website.
Verwenden Sie soapdenovo2 online mit den Diensten von onworks.net
