sumtrees - Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

sumtrees – Phylogenetische Baumzusammenfassung und Annotation

ZUSAMMENFASSUNG

Summenbäume [-ich FORMAT] [-B VERBRENNEN IN] [--force-rooted] [--force-unrooted]

BESCHREIBUNG

SumTrees ist ein Programm zum Zusammenfassen von nicht-parameterischem Bootstrap oder Bayesian Posterior
Wahrscheinlichkeitsunterstützung für Spaltungen oder Kladen auf phylogenetischen Bäumen.

Die Grundlage der Unterstützungsbewertung wird typischerweise durch eine Reihe nichtparametrischer Elemente gegeben
Bootstrap repliziert Baumbeispiele, die von Programmen wie GARLI oder RAxML oder von einem Satz erstellt wurden
von MCMC-Baumproben, die von Programmen wie Mr. Bayes oder BEAST erstellt wurden. Der Anteil von
Bäume aus den Proben, in denen eine bestimmte Aufteilung gefunden wird, werden als Grad angenommen
Unterstützung für diese Spaltung, wie aus den Beispielen hervorgeht. Die Proben, die die Grundlage bilden
Die Unterstützung kann auf mehrere Dateien verteilt werden, und eine Einbrennoption ermöglicht eine
anfängliche Anzahl von Bäumen in jeder Datei, die von der Analyse ausgeschlossen werden sollen, wenn dies nicht der Fall ist
Es wird davon ausgegangen, dass sie der tatsächlichen Unterstützungsverteilung entnommen sind.

Zusammenfassungen von Baumsammlungen, z. B. MCMC-Proben aus einer späteren Verbreitung,
nichtparametrische Bootstrap-Replikate, die die hintere Wahrscheinlichkeit, Unterstützung oder Häufigkeit abbilden
dass Splits/Clades in der Quellgruppe der Bäume in einem Zielbaum gefunden werden.

OPTIONAL

Quelle Option:
BAUM-DATEIPFAD
Quelle(n) der zusammenzufassenden Bäume. Es muss mindestens eine gültige Baumquelle vorhanden sein
bereitgestellt. Verwenden Sie „-“, um das Lesen aus der Standardeingabe anzugeben (beachten Sie, dass dies erforderlich ist).
das Eingabedateiformat muss explizit mit der Option „--source-format“ festgelegt werden).

-i FORMAT, --Eingabeformat FORMAT, --source-format FORMAT
Format aller Eingabebäume (standardmäßig wird entweder NEXUS oder NEWICK verarbeitet).
Inspektion; es ist effizienter, das Format explizit anzugeben, wenn es bekannt ist.

-b VERBRENNEN IN, --verbrennen in VERBRENNEN IN
Anzahl der Bäume, die beim Zählen vom Anfang *jeder* Baumdatei übersprungen werden sollen
Unterstützung (Standard: 0).

--force-rooted, --verwurzelt
Behandeln Sie Quellbäume als verwurzelt.

--force-unrooted, --unrooted
Behandeln Sie Quellbäume als unbewurzelt.

-v, --ultrametricity-precision, --branch-length-epsilon
Genauigkeit, die bei der Validierung der Ultrametrie verwendet werden soll (Standard: 1e-05; geben Sie „0“ an
Validierung deaktivieren).

--weighted-trees
Verwenden Sie zur Gewichtung die Gewichte der Bäume (wie durch das Kommentartoken „[&W m/n]“ angegeben).
Beitrag der in jedem Baum gefundenen Aufteilungen zur Gesamtaufteilungshäufigkeit.

--preserve-underscores
Wandeln Sie beim Lesen keine ungeschützten (nicht in Anführungszeichen gesetzten) Unterstriche in Leerzeichen um
Bäume im NEXUS/NEWICK-Format.

--taxon-name-filepath DATEIPFAD
Pfad zur Datei, in der alle Taxonnamen oder -bezeichnungen aufgeführt sind, die im gesamten Verzeichnis gefunden werden
gesamter Satz Quellbäume. Diese Datei sollte eine reine Textdatei mit einem einzigen sein
Namensliste in jeder Zeile. Diese Datei wird nur beim Multiprocessing gelesen ('-M' oder '-m')
wird erbeten. Bei der Mehrfachverarbeitung mit den Optionen „-M“ oder „-m“ alle Taxonnamen
müssen vor jeder eigentlichen Baumanalyse definiert werden. Dies ist standardmäßig der Fall
durch Lesen des ersten Baums in der ersten Baumquelle und Extrahieren der Taxonnamen.
Dies ist bestenfalls ineffizient, da es ein unnötiges Lesen des Baums erfordert. Bei
Im schlimmsten Fall kann dies ein Fehler sein, wenn der erste Baum nicht alle Taxa enthält.
Durch die explizite Angabe der Taxonnamen über diese Option können diese Probleme vermieden werden.

Target Baum Topologie Option:
-t DATEI, --target-tree-filepath FILE
Fassen Sie Unterstützungs- und andere Informationen von den Quellbäumen bis zur Topologie zusammen
Topologien, die durch die in DATEI beschriebenen Bäume gegeben sind. Wenn kein verwendungsspezifisches Ziel vorhanden ist
Wenn mehrere Topologien angegeben sind, wird eine zusammenfassende Topologie als Ziel verwendet. Benutzen Sie die
„-s“ oder „--summary-target“, um den Typ des zu verwendenden Zusammenfassungsbaums anzugeben.

-s ZUSAMMENFASSUNGSTYP, --summary-target ZUSAMMENFASSUNG-TYP
Konstruieren und fassen Sie Unterstützungs- und andere Informationen aus den Quellbäumen zusammen
der folgenden zusammenfassenden Topologien: - 'Konsens'

Ein Konsensbaum. Die Mindestfrequenz
Der Schwellenwert der einzubeziehenden Kladen kann mit „-f“ oder angegeben werden
'--min-clade-freq'-Flags. Dies ist die Standardeinstellung, wenn es sich um einen vom Benutzer angegebenen Zielbaum handelt
nicht durch die Optionen „-t“ oder „--target-tree-filepath“ angegeben.

- 'mcct'
Der maximale Clade-Glaubwürdigkeitsbaum. Der Baum aus dem Quellsatz, der maximiert
*Produkt* der Clade-Posteriori-Wahrscheinlichkeiten.

- 'msct'
Der maximale Clade-Glaubwürdigkeitsbaum. Der Baum aus dem Quellsatz, der maximiert
*Produkt* der Clade-Posteriori-Wahrscheinlichkeiten.

Target Baum Ergänzend Option:
-f #.##, --min-consensus-freq #.##, --min-freq #.##, --min-clade-freq #.##
Bei Verwendung einer Konsensbaum-Zusammenfassungsstrategie ist dies das Minimum
Häufigkeit oder Wahrscheinlichkeit, dass eine Klade oder ein Split in das Ergebnis einbezogen wird
Baum (Standard: > 0.5).

--allow-unknown-target-tree-taxa
Scheitern Sie nicht mit einem Fehler, wenn der/die Zielbaum(e) Taxa enthalten, die zuvor noch nicht gefunden wurden
Quellbäume oder in der Taxon-Erkennungsdatei definiert.

Target Baum Verwurzelung Option:
--root-target-at-outgroup TAXON-LABEL
Root-Zielbaum(e), die das angegebene Taxon als Außengruppe verwenden.

--root-target-at-midpoint
Root-Zielbaum(e) in der Mitte.

--set-outgroup TAXON-LABEL
Drehen Sie die Zielbäume so, dass sich das angegebene Taxon in der Außengruppenposition befindet, aber
Ändern Sie die Wurzelstruktur des Zielbaums nicht explizit.

Target Baum Marktumfeld Option:
-e STRATEGIE, --set-edges STRATEGIE, --Kanten STRATEGIE
Legen Sie die Kantenlängen der Ziel- oder Zusammenfassungsbäume basierend auf den angegebenen fest
Zusammenfassung STRATEGIE: - 'mittlere Länge'

Die Kantenlängen werden auf den Mittelwert eingestellt
Längen des entsprechenden Splits oder Clades in den Quellbäumen.

- 'mittlere Länge'
Die Kantenlängen werden auf den Medianwert der festgelegt

Längen des entsprechenden Splits oder Clades
die Quellbäume.

- 'Durchschnittsalter'
Die Kantenlängen werden so angepasst, dass das Alter der angrenzenden Knoten gleich ist
das Durchschnittsalter der entsprechenden Abspaltung oder Klade in den Quellbäumen. Quellbäume
Für diese Option muss ultrametrisch sein.

- 'Mittelalter'
Die Kantenlängen werden so angepasst, dass das Alter der angrenzenden Knoten gleich ist
das Durchschnittsalter der entsprechenden Abspaltung oder Klade in den Quellbäumen. Quelle
Für diese Option müssen Bäume ultrametrisch sein.

- Unterstützung
Die Kantenlängen werden auf den Unterstützungswert für die durch dargestellte Teilung eingestellt
Kante.

- 'halten'
Ändern Sie die vorhandenen Kantenlängen nicht. Dies ist die Standardeinstellung, wenn Zielbäume vorhanden sind
aus einer externen Datei mit der Option „-t“ oder „--targettree-filepath“ bezogen

- 'klar'
Kantenlängen werden aus den Zielbäumen gelöscht, sofern sie vorhanden sind.

Beachten Sie, dass die Standardeinstellungen je nach variieren
Folgendes, in der Reihenfolge ihrer Präferenz: (1) Wenn Zielbäume mit „-t“ angegeben werden
or

Option „--target-tree-filepath“, dann die Standardkante
Die Zusammenfassungsstrategie lautet: „behalten“.

(2) Wenn Zielbäume nicht angegeben sind, aber die
Wenn die Option „--summarize-node-ages“ angegeben wird, erfolgt die standardmäßige Kantenzusammenfassung
Strategie ist: „Durchschnittsalter“.

(3) Wenn keine Zielbäume angegeben sind und die
Knotenalter sind NICHT für die Zusammenfassung angegeben, sondern die standardmäßige Kantenzusammenfassung
Strategie ist: „mittlere Länge“.

--force-minimum-edge-length FORCE_MINIMUM_EDGE_LENGTH
(Wenn Sie Kantenlängen festlegen), erzwingen Sie, dass alle Kanten mindestens diese Länge haben.

--collapse-negative-edges
(Wenn Sie Kantenlängen festlegen), erzwingen Sie, dass das Alter des übergeordneten Knotens mindestens so alt ist wie sein eigenes
ältestes Kind bei der Zusammenfassung des Knotenalters.

Target Baum Anmerkung Option:
--summarize-node-ages, --ultrametrisch, --node-ages
Gehen Sie davon aus, dass Quellbäume ultrametisch sind und Knotenalter (Abstände von) zusammenfassen
Tipps).

-l {support,keep,clear}, --Etiketten {support,keep,clear}
Legen Sie die Knotenbezeichnungen der Zusammenfassungs- oder Zielbäume fest: - „Unterstützung“

Knotenbezeichnungen werden auf den Unterstützungswert für gesetzt
die Gruppe, die durch den Knoten dargestellt wird. Dies ist die STANDARD-Einstellung.

- 'halten'
Ändern Sie nicht die vorhandenen Knotenbezeichnungen.

- 'klar'
Knotenbezeichnungen werden aus den Zielbäumen gelöscht, sofern sie vorhanden sind.

--suppress-annotations, --no-annotations
Kommentieren Sie Knoten und Kanten NICHT mit Zusammenfassungsinformationsmetadaten wie z
as.support-Werte, Kantenlänge und/oder Knotenalter-Zusammenfassungsstatistiken usw.

Unterstützung Ausdruck Option:
-p, --Prozentsätze
Geben Sie die Zweigunterstützung als Prozentsätze an (ansonsten erfolgt die Meldung als Anteile von).
Standard).

-d #, --decimals #
Anzahl der Nachkommastellen bei der Angabe der Stützwerte (Standard: 8).

Ausgang Option:
-o DATEIPFAD, --output-tree-filepath DATEIPFAD, --Ausgabe DATEIPFAD
Pfad zur Ausgabedatei (falls nicht angegeben, wird auf der Standardausgabe gedruckt).

-F {nexus,newick,phylip,nexml}, --output-tree-format {nexus,newick,phylip,nexml}
Format der Ausgabebaumdatei (falls nicht angegeben, wird standardmäßig das Eingabeformat verwendet, falls dies der Fall ist
wurde explizit angegeben, ansonsten „nexus“).

-x PRÄFIX, --extended-output PRÄFIX
Falls angegeben, werden erweiterte Zusammenfassungsinformationen generiert, bestehend aus
die folgenden Dateien: - ' .topologies.trees'

Eine Sammlung von Topologien, die in den Quellen gefunden wurden
mit ihren zugehörigen A-Posteriori-Wahrscheinlichkeiten als Metadatenanmerkungen gemeldet.

- ' .bipartitions.trees'
Eine Sammlung von Bipartitionen, die jeweils als Baum dargestellt werden, mit zugehörigen
Informationen als Metadatenanmerkungen.

- ' .bipartitions.tsv'
Tabelle mit Bipartitionen als Gruppenmuster als Schlüsselspalte und Informationen
Betrachten Sie jede der Bipartitionen als die verbleibenden Spalten.

- ' .edge-lengths.tsv'
Liste der Bipartitionen und entsprechenden Kantenlängen. Wird nur bei Kantenlängen generiert
sind zusammengefasst.

- ' .node-ages.tsv'
Liste der Bipartitionen und des entsprechenden Alters. Wird nur generiert, wenn das Knotenalter gleich ist
zusammengefasst.

--no-taxa-block
Wenn Sie eine Ausgabe im NEXUS-Format schreiben, schließen Sie keinen Taxa-Block in die Ausgabe ein
Baumdatei (andernfalls wird standardmäßig ein Taxa-Block erstellt).

--no-analysis-metainformation, --no-meta-comments
Fügen Sie keine Metainformationen hinzu, die die Zusammenfassungsparameter beschreiben und
Ausführungsdetails.

-c ZUSÄTZLICHE KOMMENTARE, --zusätzliche Kommentare ZUSÄTZLICHE KOMMENTARE
Zusätzliche Kommentare, die der Zusammenfassungsdatei hinzugefügt werden sollen.

-r, --ersetzen
Ersetzen/überschreiben Sie die Ausgabedatei, ohne zu fragen, ob sie bereits existiert.

Parallel In Bearbeitung Option:
-M, --maximum-multiprocessing
Laufen Sie im Parallelmodus mit so vielen Prozessoren wie verfügbar, bis zur Anzahl von
Quellen.

-m NUM-PROZESSE, --multiprocessing NUM-PROZESSE
Im Parallelmodus mit maximal NUMPROCESSES Prozessen („max“ oder „#“) ausführen
bedeutet, so viele Prozesse auszuführen, wie Kerne auf dem lokalen Computer vorhanden sind; dh,
entspricht der Angabe von „-M“ oder „--maximummultiprocessing“.

Programm Protokollierung Option:
-g LOG-FREQUENZ, --log-Frequenz LOG-FREQUENZ
Häufigkeit der Protokollierung des Baumverarbeitungsfortschritts (Standard: 500; zum Unterdrücken auf 0 setzen).

-q, --ruhig
Unterdrücken Sie ALLE Protokollierungs-, Fortschritts- und Feedbackmeldungen.

Programm Fehler Option:
--ignore-missing-support
Ignorieren Sie fehlende Support-Tree-Dateien (beachten Sie, dass mindestens eine vorhanden sein muss).

Programm Reception Option:
-h, --help
Hilfeinformationen zum Programm anzeigen und beenden.

--Zitat
Zitierinformationen für Programm anzeigen und beenden.

--usage-examples
Anwendungsbeispiele für Programm und Exit anzeigen.

--beschreiben
Informationen zu Ihren DendroPy- und Python-Installationen anzeigen und beenden.

AUTOREN

Jeet Sukumaran und Mark T. Holder

Nutzen Sie sumtrees online über die Dienste von onworks.net