Dies ist der Befehl t_coffee, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
T-Kaffee – Ausrichtung mehrerer Sequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
t_Kaffee [Optionen]Datei
T-Kaffee richtet mehrere DNA- oder Proteinsequenzen aus.
OPTIONAL
Nachfolgend finden Sie eine Zusammenfassung der Optionen. Eine vollständige Beschreibung finden Sie im
Dokumentation.
-full_log S [0]
-run_name S [0]
-mem_mode S [0] Mitglied
-erweitern D [1] 1
-extend_mode S [0] very_fast_triplet
-max_n_pair D [0] 10
-seq_name_for_quadruplet S [0] alle
-kompakt S [0] Standard
-reinigen S [0] nicht
-do_self FL [0] 0
-do_normalise D [0] 1000
-Vorlagendatei S [0]
-seq S [0]
-in S [0] Mlalign_id_pair Mslow_pair
-pdb S [0]
-out_lib W_F [0] nicht
-lib_only D [0] 0
-Übergewicht W_F [0] nicht
-seq_source S [0] JEDEM
-cosmetic_penalty D [0] -50
-gapopen D [0] 0
-gapext D [0] 0
-fgapopen D [0] 0
-fgapext D [0] 0
-keine Übereinstimmung D [0] 0
-neubaum W_F [0] Standard
-usetree R_F [0]
-tree_mode S [0] langsam
-Schnellbaum FL [0] 0
-outfile W_F [0] Standard
-maximieren FL [1] 1
-Ausgang S [0] Clusterw
-im Ordner R_F [0]
-Matrix S [0] blosum62mt
-tg_mode D [0] 1
-profile_mode S [0] cw_profile_profile
-profile_comparison S [0] Voll50
-dp_mode S [0] cfasta_pair_wise
-ktuple D [0] 1
-ndiag D [0] 0
-diag_threshold D [0] 0
-diag_mode D [0] 0
-sim_matrix S [0] Vasiliky
-Art S [0]
-Outorder S [0] ziehen an einem Strang.
-seqnos S [0] WOW!
-Fall S [0] halten
-Zentralprozessor D [0] 0
-maxnseq D [0] 60
-maxlen D [0] -1
-Gewicht S [0] Standard
-seq_weight S [0] t_Kaffee
-ausrichten FL [1] 1
-Mokka FL [0] 0
-Domain FL [0] 0
-Start D [0] 0
-len D [0] 0
-Rahmen D [0] 0
-mocca_interactive FL [0] 0
-evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-get_type FL [0] 0
-clean_aln D [0] 0
-clean_threshold D [1] 1
-clean_iteration D [1] 1
-clean_evaluate_mode S [0] t_coffee_fast
-Profil S [0]
-Profil1 S [0]
-Profil2 S [0]
-extend_matrix FL [0] 0
-prot_min_sim D [40] 40
-prot_max_sim D [60] 60
-prot_min_cov D [0] 0
-pdb_min_sim D [30] 30
-pdb_max_sim D [100] 100
-pdb_min_cov D [50] 50
-pdb_blast_server W_F [0] SIB
-prot_blast_server W_F [0] SIB
-pdb_db W_F [0] nrl3d
-protein_db W_F [0] nr
-method_log W_F [0] nicht
-struc_to_use S [0]
-Zwischenspeicher W_F [0] -
-align_pdb_param_file W_F [0] nicht
-align_pdb_hasch_mode W_F [0] hasch_ca_trace_bubble
-msa_mode S [0] Baum
-lalign_n_top D [0] 10
-iterieren D [0] 0
Trimmen D [0] 0
-Teilt D [0] 0
-trimfile S [0] Standard
-Teilt D [0] 0
-split_nseq_thres D [0] 0
-split_score_thres D [0] 0
-check_pdb_status D [0] 0
-seq_to_keep S [0]
-dpa_master_aln S [0]
-dpa_maxnseq D [0] 10
-dpa_min_score1 D [0]
-dpa_min_score2 D [0]
-dpa_keep_tmpfile FL [0] 0
-dpa_debug D [0] 0
-Multi Thread S [0]
-lib_list S [0]
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