Dies ist der Befehl TMalign, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
TMalign – Ausrichtung der Proteinstruktur
ZUSAMMENFASSUNG
TMalign Struktur.pdbtarget.pdb[Optionen]
BESCHREIBUNG
TMalign führt eine strukturelle Ausrichtung von Proteinen durch. Die Ausrichtung wird durch das TM- bewertet.
Score-Algorithmus.
OPTIONAL
Beim Start ohne Optionen wird eine Zusammenfassung der Befehle angezeigt. Mit zwei Proteinstrukturen
Als Argumente dargestellt, verwendet der TM-Score die Länge des zweiten Proteins
normalisiert. Die endgültige strukturelle Ausrichtung ist für keine der unten aufgeführten Optionen invariant.
-L Anzahl normalisiert den TM-Score um eine zugewiesene Länge (in aa)
-a normalisiert den TM-Score anhand der durchschnittlichen Länge der beiden Strukturen
-b normalisiert den TM-Score um die Länge der kürzeren der beiden Strukturen
-c normalisiert den TM-Score um die Länge der längeren der beiden Strukturen
-o Dateinamen Führen Sie TM-align aus und geben Sie die Überlagerung in „filename.sup“ und aus
'Dateiname.sup_all'. Die Ausgabedateien dienen als Skripte für das Programm rasmol. Zu
Sehen Sie sich die überlagerten Strukturen der ausgerichteten Regionen an
'rasmol -script TM.sup' Um die überlagerten Strukturen aller Regionen anzuzeigen
'rasmol -script TM.sup_all'.
Nutzen Sie TMalign online über die Dienste von onworks.net
