topred – Online in der Cloud

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION

gekrönt - Vorhersage der Transmembrantopologie.

ZUSAMMENFASSUNG

gekrönt [Optionen]ff frustrierten> ...

OPTIONAL

Folgende Befehlszeilenoptionen sind zulässig:

-c Wert
Nutzen Sie Wert als bestimmter Grenzwert. Der Standardwert ist 1.

-d Welle
Nutzen Sie Welle als kritischer Abstand zwischen 2 Transmembransegmenten. Wenn 2 berechnet
Segmente sind um einen Abstand kleiner als voneinander getrennt Welle Aminosäuren nur das Segment
mit dem besten Hydrophobiewert berücksichtigt. Der Standardwert ist 2.

-e schaltet den Cyt-Ext-Kalkül auf Eukaryoten um. Die Standardeinstellung ist Prokaryoten.

-g Format
Erzeugen oder zeigen Sie ein hydrophobes Profil wie angegeben an Format. Derzeit unterstützt
Werte für das Format sind:

x11 : Zeigt das Diagramm auf dem Bildschirm an (Standard).
ps : eine .ps-Datei erstellen.
png : eine .png-Datei erstellen.
ppm : Erstellt eine .ppm-Datei.
keine : Es wird kein Profil erstellt.

Warnung: Diese Option und die zugehörigen Werte sind einzige verfügbar, wenn topperd kompiliert ist
mit der Gnuplot-Unterstützung.

-h Nutzungsanzeige.

-H Datei
Laden Sie die Hydrophobie-Skala ab Datei, Standard ist GES-Maßstab. Akzeptierte Werte sind
entweder:

KD-Skala : (Kyte und Doolittle, J. Mol. Biol (1982) 157, 105-132)
GES-Skala : (Goldman Engelman Steitz Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1986 15/ 321
53)
GVH-Skala : (Gunnar von Heijne J. Mol. Biol. (1992) 225, 487-494)
entweder Ihre eigene Hydrophobizitätsskalendatei. In diesem Fall die Hydrophobizitätsskalendatei
muss sich im Arbeitsverzeichnis befinden.

Um Ihre eigene Hydrophobizitätsskalendatei zu verwenden, sehen Sie sich das Format der unterstützten Datei an
Scale-Dateien im Verzeichnis topred data auf Ihrem System; Blick in
/usr/share/toppred/or /usr/local/share/toppred/, oder fragen Sie Ihren Systemadministrator.

-n Wert
Nutzen Sie Wert Als Kernfensterlänge ist der Standardwert 11.

-o Datei
Platzieren Sie die Ausgabe in Datei, und speichern Sie alle anderen Dateien im selben Verzeichnis wie Datei.

-O Format
Druckausgabe im angegebenen Format Format. Unterstützte Werte sind: alt: alte topred-Ausgabe
Format neu: neues Toppred-Ausgabeformat (der Standardwert), html: eine HTML-Seite erstellen
Bitte beachten Sie, dass pro Sequenz hydrophobe Profile und Topologien angegeben werden, sofern diese nicht angegeben sind
Die Darstellung erfolgt zwangsweise im PNG-Format.

-p Wert
Nutzen Sie Wert Als mutmaßlicher Grenzwert beträgt der Standardwert 0.6.

-q Wert
Nutzen Sie Wert Als Länge des Keilfensters ist der Standardwert 5.

-s Wert
Nutzen Sie Wert als kritische Schleifenlänge. Wenn eine Schleife zwischen 2 Transmembransegmenten eine hat
Länge größer als Welle Das Lys/Arg-Verhältnis wird bei der Bestimmung nicht berücksichtigt
Topologien. Der Standardwert ist 60.

-t Format
Erstellen Sie Bilder der angegebenen Topologien Format. Derzeit die unterstützten Werte
für das Format sind: png: erzeugt Bilder der Topologien im PNG-Format, keine: keine Grafik
Es entsteht eine Darstellung der Topologien. Der Standardwert ist PNG.

Warnung: Diese Option und die zugehörigen Werte sind einzige verfügbar, wenn topperd kompiliert ist
mit der libgdb-Unterstützung.

-v Zeigt die Versionsnummer an.

FORMAT

gekrönt Behandelt nur das Fasta-Sequenzformat als Eingabe.

gekrönt Behandelt 2 Ausgabeformate über die -O Flagge.

BESCHREIBUNG

gekrönt ist ein Programm zur Bestimmung der Topologie eines Transmembranproteins nach G. von
Heijne-Algorithmus.

„Vorhersage der Struktur von Membranproteinen. Hydrophobizitätsanalyse und das Positive im Inneren.“
Regel.“ J. Mol. Biol. 1992 225,487-494.

Jede Sequenz von ff frustrierten im Fasta-Format verarbeitet wird, und gekrönt erzeuge die
Hydrophobie-Profil der Sequenz und die entsprechenden Hydrophobie-Werte in
die DateiSequenz-ID>.hydro.

Darüber hinaus werden die vorhergesagten Topologien als PNG-Bilder dargestellt. Jede Topologie ist
in einer Datei gespeichertSequenz-ID>-<Anzahl>. Png

Das Hydrophobieprofil wird mithilfe eines Fensters berechnet, das aus einem rechteckigen Kernfenster besteht
der Größe n, flankiert von 2 Dreiecksfenstern der Größe q. NB rechteckiger und dreieckiger Mittelwert
dass die Ponderationswerte innerhalb dieser Fenster jeweils konstant und variabel sind.

Das Hydrophobizitätsprofil wird mithilfe des folgenden Fensters berechnet

-> n <-
___________
/⎪ ⎪\
/ ⎪ ⎪ \
/__⎪_________⎪__\
-> q <- -> q <-
-> l = n + 2q <-

Somit kann man ein rechteckiges Fenster verwenden, indem man q auf 0 setzt.

gekrönt erzeugt abhängig von den Befehlszeilenoptionen die folgenden Ausgabedateien

foo.hydro
Datei mit den hydrophoben Werten für die Sequenz foo.

foo.ps, foo.ppm, foo.png
Bild, das das hydrophobe Profil für die Sequenz darstellt foo im Postscript, ppm oder
PNG-Format abhängig vom in der Befehlszeile angegebenen Optionswert -g bzw. -g
ps, -g ppm oder -g png.

foo-1.png ... foo-n.png
Bild, das die grafische Darstellung der vorhergesagten Topologie darstellt 1... n für die
Reihenfolge foo im PNG-Format, wenn die Option -t png in der Befehlszeile angegeben wird.

TOPPREDDATA könnte verwendet werden, um einen alternativen toppred-Datenordner anzugeben

Beispiele:

Betrachten Sie die Fasta-formatierte Sequenz foo im Ordner Bar.

gekrönt Bar
Verarbeiten Sie alle Sequenzen im Fasta-Format von Bar, zeigen Sie für jede Sequenz die an
Hydrophobizitätsprofil, erzeugen Sie das entsprechende foo.hydro und die entsprechenden
foo-<#>. Png Darstellung grafischer Topologien als PNG-Bilder.

gekrönt -GPS Bar
Wie zuvor, außer dass das Hydrophobizitätsprofil nicht angezeigt wird
Dieses Bild wird im PostScript-Format erstellt foo.ps

gekrönt -g keine Bar
Dasselbe wie zuvor, außer dass das Hydrophobizitätsprofil ebenfalls nicht angezeigt wird
produziert.

gekrönt -g keine -t keine Bar
Dasselbe wie zuvor, außer dass weder das Hydrophobizitätsprofil noch die Grafik
Topologiedarstellungen werden nicht erstellt

gekrönt -H KD-Skala Bar
Verwenden Sie beim Verarbeiten von Sequenzen die KD-Skala anstelle der Standard-GES-Skala.

gekrönt -O html -g png -t keine -o Ergebnis Bar
Schreiben Sie die HTML-Ausgabe in eine Datei Folge, außerdem entsteht das Hydrophobizitätsprofil
im PNG-Format und Grafiktopologien werden nicht erstellt.

Katze Bar ⎪ gekrönt -
gekrönt ist in der Lage, Daten von stdin zu lesen.

AUTOREN

Eric Deveaud[E-Mail geschützt] >, Institut Pasteur und Katja Schuerer.

Nutzen Sie toppred online über die Dienste von onworks.net