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TransDecoder.Predict – Online in der Cloud

Führen Sie TransDecoder.Predict beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks über Ubuntu Online, Fedora Online, den Windows-Online-Emulator oder den MAC OS-Online-Emulator aus

Dies ist der Befehl TransDecoder.Predict, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann

PROGRAMM:

NAME/FUNKTION


Transdecoder – Transkriptom-Proteinvorhersage

ANWENDUNG


Erforderlich:

-T Transkripte.fasta

Allgemeine Optionen:

--retain_long_orfs Behalten Sie alle gefundenen ORFs bei, die gleich oder länger als diese vielen Nukleotide sind, auch wenn keine anderen Beweise vorliegen
markiert es als Codierung (Standard: 900 bp => 300aa)

--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm zum Suchen
mit hmmscan (auf das über Ihre PATH-Einstellung zugegriffen werden sollte)

--retain_blastp_hits

Erweiterte Optionen

--Zug FASTA-Datei mit ORFs zum Trainieren von Markov Mod für die Proteinidentifizierung; ansonsten
längste nicht-redundante ORFs verwendet

-T Wenn kein --train, die längsten ORFs zum Trainieren des Markov-Modells (Hexamer-Statistiken) (Standard: 500)

2015-12-28 TRANSDECODER.PRÄDIKT(1)

Verwenden Sie TransDecoder.Predict online über die Dienste von onworks.net


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