Dies ist der Befehl TransDecoder.Predict, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
Transdecoder – Transkriptom-Proteinvorhersage
ANWENDUNG
Erforderlich:
-T Transkripte.fasta
Allgemeine Optionen:
--retain_long_orfs Behalten Sie alle gefundenen ORFs bei, die gleich oder länger als diese vielen Nukleotide sind, auch wenn keine anderen Beweise vorliegen
markiert es als Codierung (Standard: 900 bp => 300aa)
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmm zum Suchen
mit hmmscan (auf das über Ihre PATH-Einstellung zugegriffen werden sollte)
--retain_blastp_hits
Erweiterte Optionen
--Zug FASTA-Datei mit ORFs zum Trainieren von Markov Mod für die Proteinidentifizierung; ansonsten
längste nicht-redundante ORFs verwendet
-T Wenn kein --train, die längsten ORFs zum Trainieren des Markov-Modells (Hexamer-Statistiken) (Standard: 500)
2015-12-28 TRANSDECODER.PRÄDIKT(1)
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