Dies ist der Befehl wordfindere, der im kostenlosen OnWorks-Hosting-Provider mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, Windows-Online-Emulator oder MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
wordfinder - Vergleiche große Sequenzen mit einer oder mehreren anderen Sequenzen
ZUSAMMENFASSUNG
Wortfinder -eine Sequenz Folgesatz -bfolge Fortsetzung [-Datendatei Matrixf] -gapopen schweben
-gaapextend schweben [-Breite ganze Zahl] [-wordlen ganze Zahl] [-Limitmatch ganze Zahl]
[-Limitalign ganze Zahl] [-Lowmatch ganze Zahl] [-lowalign ganze Zahl] -outfile ausrichten
[-Fehlerdatei Outfile]
Wortfinder -Hilfe
BESCHREIBUNG
Wortfinder ist ein Kommandozeilenprogramm von EMBOSS („the European Molecular Biology Open
Software-Suite“). Es ist Teil der Befehlsgruppe(n) "Ausrichtung:Lokal".
OPTIONAL
Eingang Abschnitt
-eine Sequenz Folgesatz
-bfolge Fortsetzung
-Datendatei Matrixf
Dies ist die Bewertungsmatrixdatei, die beim Vergleichen von Sequenzen verwendet wird. Standardmäßig ist es der
Datei 'EBLOSUM62' (für Proteine) oder die Datei 'EDNAFULL' (für Nukleinsequenzen). Diese
Dateien befinden sich im Verzeichnis 'data' der EMBOSS-Installation.
Erforderlich Abschnitt
-gapopen schweben
Standardwert: @($(acdprotein)? 30.0 : 30.0)
-gaapextend schweben
Standardwert: @($(acdprotein)? 1.5 : 1.5)
Zusätzliche Abschnitt
-Breite ganze Zahl
Standardwert: 16
-wordlen ganze Zahl
Standardwert: 6
-Limitmatch ganze Zahl
-Limitalign ganze Zahl
-Lowmatch ganze Zahl
-lowalign ganze Zahl
Ausgang Abschnitt
-outfile ausrichten
-Fehlerdatei Outfile
Zu schreibende Fehlerdatei Standardwert: wordfinder.error
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