Dies ist der Befehl xplor2gmx, der beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks mit einer unserer zahlreichen kostenlosen Online-Workstations wie Ubuntu Online, Fedora Online, dem Windows-Online-Emulator oder dem MAC OS-Online-Emulator ausgeführt werden kann
PROGRAMM:
NAME/FUNKTION
xplor2gmx – XPLOR-Abstandsbeschränkungen in das Gromacs-Format konvertieren
ZUSAMMENFASSUNG
xplor2gmx (Rückstand Versatz) input.pdb
BESCHREIBUNG
xplor2gmx liest eine XPLOR-Eingabedatei mit Abstandsbeschränkungsdaten, wie sie manchmal in zu finden sind
die pdb-datenbank (http://www.pdb.org). Aus dieser Eingabedatei sollten Diederbeschränkungen abgeleitet werden
entfernt, so dass nur noch Abstandsbeschränkungen bestehen bleiben. Das Skript kann mit Mehrdeutigkeiten umgehen
Beschränkungen. Es konvertiert die Abstandsbeschränkungen in das GROMACS-Format.
Auf STDIN sollte eine Einschränkungsdatei (.dat) und eine geeignete Ausgabedatei (.itp) bereitgestellt werden
an STDOUT gesendet.
Beispiele:
xplor2gmx.pl 33 conf.pdb < restraints.dat > disre.itp
OPTIONAL
xplor2gmx erfordert zwei Befehlszeilenoptionen: erstens den Rest-Offset (Ganzzahl); zweite,
der .pdb-Dateiname. Die PDF-Datei muss korrekte Atomnummern haben.
Nutzen Sie xplor2gmx online über die Dienste von onworks.net
