Dies ist die Linux-App namens BamBam, deren neueste Version als bambam-1.4.tgz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens BamBam mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
Bam Bam
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BESCHREIBUNG
BamBam umfasst zahlreiche Tools zur Analyse von DNA-Sequenzierungsdaten der nächsten Generation. Es werden Tools zum Aufrufen von SNPs und Indels, zum Identifizieren großflächiger Löschungen, zum tabellarischen Auflisten der Anzahl zugeordneter Lesevorgänge, zur Methylierungsanalyse und mehr bereitgestellt.
Hängt von SAMtools ab (http://samtools.sourceforge.net/) und BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). Verwendet außerdem BioPerl, das im Download-Tarball enthalten ist.
Eigenschaften
- Rufen Sie SNPs und Indels auf
- Genotypen unterstellen
- Erstellen Sie Konsenssequenzen
- Tabellieren Sie die Anzahl der zugeordneten Lesevorgänge (RNA-seq)
- Haplotyp-Phasenbestimmung mit K-Means-Clustering ableiten
- Analyse der DNA-Methylierung (Bisulfit-Sequenzierung)
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Perl, C ++
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/bambam/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
