Dies ist die Linux-App mit dem Namen ChIP-RNA-seqPRO zur Online-Ausführung unter Linux, deren neueste Version als cloudclientID.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens ChIP-RNA-seqPRO herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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ChIP-RNA-seqPRO zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG
ChIP-RNA-seqPRO: Eine Strategie zur Identifizierung von Regionen epigenetischer Deregulierung, die mit abweichenden Transkriptspleiß- und RNA-Editierungsstellen verbunden sind. Ausführbare Python-Skripte im Paket mit benutzerdefinierten Annotationsbibliotheken, Demo-Dateneingabe und README-Anleitung.9.: v26 MAIN_IV aktualisiert, um Fehler zu debuggen, der von Python-Pandas ausgelöst wird, die „Subset“ nicht mehr unterstützen.
Dieser Code wird hier nicht mehr aktiv gepflegt/aktualisiert. Eine cloudbasierte Ressource für die vergleichende Analyse epigenetischer, Sequenzvariations- und Expressionsdatensätze ist jetzt verfügbar. Besuchen Sie bitte das Cloudomics-Projekt für cloudbasierte Ressourcen: https://sourceforge.net/projects/cloudomics-for-aws/
Eigenschaften
- Tool zur vergleichenden Analyse einer Vielzahl epigenomischer (ChIPseq, MBDseq usw.) und RNA-basierter Sequenzierungspaare von Probendatensätzen
- Wenn Sie dieses Tool oder eine der Annotationsbibliotheken verwenden, geben Sie bitte die folgende Referenz an: Champion M., Hlady R., Yan H., Evans J., Nie J., Lee J., Bogenberger J., Nandakumar K., Davila J., Moore R., Nair A., O'Brien D., Zhu Y., Kortüm K., Ordog T., Zhang Z., Joseph R., Kocher J., Jonasch E., Robertson K., Tibes R. und H. Ho T. (2015). Bioinformatische Strategien zur Identifizierung von Regionen epigenetischer Deregulierung im Zusammenhang mit aberrantem Transkriptspleißen und RNA-Editierung. In Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, Seiten 163–170. DOI: 10.5220/0005248001630170
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Unix-Shell, Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/chiprnaseqpro/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
