Dies ist die Linux-App namens EigenMS, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als EigenMS.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens EigenMS herunter und führen Sie sie online aus, um sie online mit OnWorks kostenlos unter Linux auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
EigenMS soll online unter Linux laufen
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BESCHREIBUNG
EigenMS ist eine in R (und ältere Version in Matlab) implementierte Normalisierungsmethode, die als Satz von zwei Funktionen verfügbar ist, die in einer Sequenz verwendet werden sollten.Bitte laden Sie die Datei EigenMS.zip (neueste Version) herunter.
Die neueste Version, die im Oktober 2017 hochgeladen wurde, enthält einen Bugfix für die Normalisierung von Einzelbehandlungsgruppen.
Die Neuskalierung wurde ab 2015 weggelassen.
EigenMS verwendet SVD, um Bias-Trends in den Daten zu erkennen und zu beseitigen. EigenMS eliminiert Effekte von bekannten und unbekannten Faktoren und kann für jede -omic-Plattform verwendet werden.
Wir haben seinen Nutzen in LC-MS/MS und Metabolomik in den folgenden zwei Veröffentlichungen gezeigt:
1) PMID: 19602524. "Normalisierung von Peakintensitäten in Bottom-up-MS-basierten Proteomik unter Verwendung von Singular Value Deposition".
Karpievitch YV, Taverner T, Adkins JN, Callister SJ, Anderson GA, Smith RD, Dabney AR.
Bioinformatik 2009
2) "Metabolomics-Datennormalisierung mit EigenMS"
Karpievitch YV, Nikolic SB, Wilson R, Sharman JE, Edwards LM.
PLoS One 2014
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
MATLAB, S/R
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/eigenms/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
