Dies ist die Linux-App namens iMSAT, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als SSRs.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens iMSAT herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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iMSAT läuft unter Linux online
BESCHREIBUNG
iMSAT stellt ein vollständiges Update des vcf2MSAT-Programms dar. Dieses Befehlszeilen-Python-Programm ermöglicht es einem Benutzer, die mit SAM- und BAM-Tools generierten Polymorphismusdaten und eine .fasta-Alignment-Datei zu verwenden, um nach polymorphen Mikrosatellitenmarkern (MSATs oder STRs) zu suchen. Durch die Identifizierung polymorpher Hersteller anstelle einfacher Wiederholungsregionen, wie dies bei früheren Programmen der Fall war, erhöht iMSAT die Geschwindigkeit, mit der polymorphe MSATs identifiziert werden können, erheblich – was den Forschern wertvolle Zeit und Geld spart. Besuchen http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/858/abstract Für den PDF-Artikel, der den Nutzen von iMSAT beschreibt, und wenn Sie das Programm verwenden, zitieren Sie diesen Artikel bitte als: Andersen und Mills: iMSAT: ein neuartiger Ansatz zur Entwicklung von Mikrosatelliten-Loci unter Verwendung barcodierter Illumina-Bibliotheken. BMC Genomics 2014 15:858.Eigenschaften
- Identifizierung polymorpher Mikrosatelliten
- Illumina-Sequenzierung
- Genomanalyse
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Python
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/imsat/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
