Dies ist die Linux-App namens Javamony, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als Javamony.jar heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Javamony herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
Ad
Javamony läuft unter Linux online
BESCHREIBUNG
Basierend auf der nicht so erfolgreichen Pysimony (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), nimmt derselbe entschlossene Schüler das phylogenetische Problem noch einmal auf.Javamony wird wie folgt aufgerufen:
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [zufällig / schrittweise (Startbaum)] [Anzahl der Bootstraps] [Outgroup-Taxon #1] [Outgroup-Taxon #2] ...
Javamony ist nicht als kompetitives phylogenetisches Inferenzprogramm gedacht, sondern bietet mir die Möglichkeit, die Sprache Java zu erlernen und gleichzeitig grundlegende Probleme der Phylogenetik zu lösen. Daher ist zu meinem eigenen pädagogischen Nutzen der gesamte Code original. Natürlich gibt es wahrscheinlich auch viele Fehler.
Ich vertreibe Javamony, wie ich Pysimony tat, in der Hoffnung, dass es für jemand anderen von pädagogischem Wert oder zumindest vage amüsant ist.
Kommende Funktionen werden sein:
- Unterstützung für Aminosäuresequenzen
- Unterstützung für zusätzliche Dateiformate (zB Nexus)
- Multithreading
- Zusätzliche Scoring-Methoden (zB Maximum Likelihood)
Eigenschaften
- Verwendet maximale Sparsamkeit
- Liest eine FASTA-Eingabedatei (nur DNA)
- Vom Benutzer erstellte Außengruppe
- Zufällige und schrittweise Addition von Startbäumen
- Verwendet SPR (Subtree Pruning and Regrafting) Baumsuche
- Führt Bootstrapping durch
- Gibt das Standard-Newick-Format mit Bootstrap-Unterstützung und Zweiglängen aus
- Zeichnet den endgültigen Baum mit Bootstrap-Unterstützung
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Bildung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Javac
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/javamony/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
