Dies ist die Linux-App namens JSiteDescriptor, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als binaries.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens JSiteDescriptor herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
JSiteDescriptor zur Online-Ausführung unter Linux
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BESCHREIBUNG
Eine Reihe von Java-Programmen, die Koordinaten- und chemische Informationen aus PDB-Dateien extrahieren.Die Bindungsstellenbereiche werden mithilfe eines gitterbasierten Schemas extrahiert.
Für die Bindungsstelle wird ein räumlich-chemischer Deskriptor basierend auf dem PocketMatch-Algorithmus von Dr. Kalidas (ebenfalls Autor dieses Projekts) generiert.
Eigenschaften
- Generierung eines PocketMatch-basierten Vektordeskriptors für eine Bindungsstelle
- Läuft im Einzel-PDB-Dateimodus oder im Batch-Modus
- Angabe der Stelle als Ligandennachbarschaft – (Ligandcode, Name und Ketten-ID)
- Angabe der Site als PDB-Subset-Nachbarschaft mithilfe von REGULAR EXPRESSIONS
- Spezifikation mehrerer Atombereiche, die eine Bindungsstelle auskleiden
- Die Verarbeitungsdatei im Stapelmodus erfasst Eingabeparameter über eine XML-Datei und entspricht der XSD-Spezifikation
- Größere Konfigurierbarkeit – Auswahl der Restgruppen, Radius und Kategorien für Standorte
- Java Swing-Technologie für GUI
- Einfache und erweiterbare Softwarearchitektur für zukünftige Entwicklungen
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Java-Schaukel
Programmiersprache
Javac
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/jsitedescriptor/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
