Dies ist die Linux-App namens locusvu, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als LocusVu.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens locusvu herunter und führen Sie sie online aus, um sie online mit OnWorks kostenlos unter Linux auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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locusvu zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG
LocusVu ist ein neuartiges Java-basiertes Softwaretool, das eine Liste genomischer Loci (Positionen auf dem Chromosom) als Eingabe akzeptiert und das Abrufen verwandter Informationen (zytogenetische Bande, Genname, OMIM-Daten usw.) aus öffentlichen Datenbanken wie dem UCSC-Genombrowser automatisiert Datenbank. Es ermöglicht dann mehrere Arbeitsabläufe für die abgerufenen Ergebnisse, wie das Vergleichen mehrerer Datensätze (vergleichende Genomik), das Anzeigen benachbarter Gene für einen Loci aus dem Tool selbst heraus oder die grafische Darstellung dieser Ergebnisse in Balken-/Kreisdiagrammen. LocusVu verfügt über eine einfache benutzerfreundliche GUI im Frontend, die eine intuitive Benutzerinteraktion mit der zugrunde liegenden Logik ermöglicht.Das Tool kann einfach erweitert werden, um Unterstützung für andere Datenbanken (zB Ensembl) hinzuzufügen oder Informationen abzurufen
aus anderen Tabellen in der Datenbank. Somit bietet LocusVu ein grundlegendes Framework, das von Benutzern und Entwicklern gleichermaßen verwendet werden kann, um bestehende Workflows zu vereinfachen und neue zu erstellen, um die Datenanalyse in der Genomik zu unterstützen.
Eigenschaften
- Automatisiert den Datenabruf aus Datenbanken (derzeit UCSC Genom-Browser-Datenbank)
- Aktiviert Workflows für abgerufene Ergebnisse wie..
- ..Vergleich mehrerer Datensätze (comparative Genomics)
- ..benachbarte Gene für einen Locus anzeigen (aus dem Tool selbst)
- ..Ergebnisse grafisch darstellen (Balken-/Kreisdiagramme)
- Einfach zu bedienende GUI am Frontend für intuitive Bedienung
- Logging mit Log4j für einfaches Debugging
- Leicht erweiterbar
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Entwickler
Benutzeroberfläche
Java-Schaukel
Programmiersprache
Javac
Datenbankumgebung
MySQL
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/locusvu/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
