Dies ist die Linux-App namens MarDRe, die unter Linux online ausgeführt werden kann und deren neueste Version als MarDRe-v1.4.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens MarDRe herunter und führen Sie sie online aus, um sie online mit OnWorks kostenlos unter Linux auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
MarDRe läuft unter Linux online
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BESCHREIBUNG
MarDRe ist ein de novo MapReduce-basiertes paralleles Tool zum Entfernen doppelter und nahezu doppelter DNA-Reads durch das Clustern von Single-End- und Paired-End-Sequenzen aus FASTQ/FASTA-Datensätzen. Dieses Tool ermöglicht es der Bioinformatik, die Analyse nicht erforderlicher Lesevorgänge zu vermeiden, wodurch die Zeit für nachfolgende Verfahren mit dem Datensatz verkürzt wird.MarDRe ist das Big-Data-Gegenstück von ParDRe (Link oben), das HPC-Technologien (dh hybrides MPI/Multithreading) einsetzt, um die Laufzeit auf Multicore-Systemen zu reduzieren. Stattdessen nutzt MarDRe das MapReduce-Programmiermodell, um die ParDRe-Leistung auf verteilten Systemen, insbesondere in Cloud-basierten Infrastrukturen, deutlich zu verbessern. MarDRe wurde in reinem Java geschrieben, um die plattformübergreifende Kompatibilität zu maximieren, und basiert auf dem Open-Source-Projekt Apache Hadoop, dem beliebtesten verteilten Computing-Framework für die Verarbeitung von Big Data.
Publikum
Informationstechnologie, Gesundheitswirtschaft, Wissenschaft/Forschung
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal, Befehlszeile
Programmiersprache
Javac
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/mardre/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
