Dies ist die Linux-App mit dem Namen MCPerm: Monte Carlo SNP-Permutation, deren neueste Version als MCPerm_1.1.2.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App mit dem Namen MCPerm: Monte Carlo SNP permutation with OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
MCPerm: Monte-Carlo-SNP-Permutation
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BESCHREIBUNG
MCPerm: Eine Monte-Carlo-Permutationsmethode für multiple Testkorrelation in einer Fall-Kontroll-Assoziationsstudie
Der traditionelle Permutationstest (TradPerm) ist eine wichtige nicht-parametrische Analysemethode, die als Goldstandard für mehrere Testkorrekturen in Fall-Kontroll-Assoziationsstudien angesehen werden kann. Es stützt sich jedoch auf die ursprünglichen Single Nucleotide Polymorphism (SNP) Genotypen und Phänotypdaten, um eine große Anzahl von zufälligen Shuffles durchzuführen, und ist daher rechenintensiv, insbesondere für genomweite Assoziationsstudien (GWAS). Um die Berechnungsgeschwindigkeit zu verbessern, ohne die Größe des TradPerm-p-Werts zu ändern, haben wir als effiziente Alternative zu TradPerm eine Monte-Carlo-Permutationsmethode (MCPerm) entwickelt.
Methoden: MCPerm muss die ursprünglichen Genotyp- und Phänotypdaten nicht mischen. Es verwendet die Monte-Carlo-Methode und verwendet eine zweistufige hypergeometrische Verteilung, um die zufällige Anzahl von Genotypen (AA, Aa und aa) in Fällen und Kontrollen zu generieren.
Programmiersprache
S / R
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/mcperm/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
