Dies ist die Linux-App namens PASHA: Parallelized Short Read Assembly, deren neueste Version als Pasha-1.0.10.tar.bz2 heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens PASHA: Parallelized Short Read Assembly with OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
PASHA: Parallelisierte Short Read Assembly
Ad
BESCHREIBUNG
PASHA ist ein paralleler Short-Read-Assembler für große Genome unter Verwendung von De-Bruijn-Graphen. PASHA nutzt sowohl Multi-Core-CPUs mit gemeinsamem Speicher als auch Rechencluster mit verteiltem Speicher und hat sein Potenzial unter Beweis gestellt, mit bescheidenen Rechenressourcen in angemessener Zeit eine qualitativ hochwertige De-novo-Assemblierung großer Genome durchzuführen. Unsere Auswertung anhand von drei kleinen echten Paired-End-Datensätzen zeigt, dass PASHA im Vergleich zu drei führenden Assemblern bessere Assemblierungen mit vergleichbarer Genomabdeckung und Fehlassemblierungsraten produzieren kann: Velvet, ABySS und SOAPdenovo. Darüber hinaus erreicht PASHA die höchste Geschwindigkeit für alle drei Datensätze auf einer einzigen CPU. Für das menschliche Genom erreicht PASHA mit ABySS eine wettbewerbsfähige Assemblierungsqualität und ist in der Lage, die Assemblierung in etwa 21 Stunden abzuschließen, was etwa 2.38-mal schneller ist als ABySS bei denselben Hardwarekonfigurationen.
Benutzeroberfläche
Konsole/Terminal
Programmiersprache
C + +
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/pasha/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.