Dies ist die Linux-App mit dem Namen PB-sQF_BacterialTyping, deren neueste Version als PBsQF_Mac.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations betrieben werden.
Laden Sie diese App mit dem Namen PB-sQF_BacterialTyping with OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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PB-sQF_BacterialTyping
BESCHREIBUNG
Probability Binning – charakteristische quadratische Form, PB-sQF, ordnet unbekannte Sequenz einem der 628 Genome der Bakterienbibliothek zu, was die kleinsten Teststatistiken und somit den ähnlichsten Bibliotheksstamm ergibt.
Die Eingabedatei ist die k-mer-Zählung der unbekannten zusammengesetzten Genomsequenz oder die Rohdatei mit kurzen Lesevorgängen im Dezimalformat, die von KAnalyze generiert wird, das von P. Audano et al. entwickelt wurde. (https://sourceforge.net/projects/kanalyze/).
Der Download umfasste den Bibliotheksindex, den Bibliotheksnamen und unbekannte Proben.
Eigenschaften
- Berechnung von Teststatistiken zwischen Bibliothek und unbekannter k-mer-Frequenz
- Bakterielle Sequenztypisierung
- Windows
- Mac
Programmiersprache
MATLAB
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/pb-sqf-bacterialtyping/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, damit es auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt werden kann.
