Dies ist die Linux-App mit dem Namen piv_clustering zur Ausführung unter Linux online, deren neueste Version als piv_clustering_1.3.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens piv_clustering herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
Ad
piv_clustering zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG
Dieses Programm ermöglicht die Durchführung einer strukturellen Clusteranalyse atomarer Flugbahnen, die beispielsweise aus Molekulardynamiksimulationen gewonnen wurden.Im Gegensatz zu anderen Ansätzen ist es möglich, auch Prozesse in Lösung zu analysieren, z. B. chemische Reaktionen in flüssigem Wasser, da die Distanzmetrik auf einem Permutationsinvarianten Vektor (PIV) basiert, der unter Austausch identischer Atome oder Moleküle symmetrisch ist, einschließlich auf der gleichen Grundlage sowohl die Freiheitsgrade des gelösten Stoffs als auch des Lösungsmittels. Der Ansatz ist allgemein und die Definition von PIV erfordert lediglich die Angabe des Bereichs der interatomaren Abstände, der für den untersuchten Prozess relevant ist. Alternativ können auch die topologischen SPRINT-Koordinaten verwendet werden, die besonders für Nanostrukturen geeignet sind.
Das Ergebnis ist eine Aufteilung der Flugbahn in einige Strukturcluster (z. B. Gruppen von Frames), was eine einfachere Analyse und Visualisierung ermöglicht.
Bitte lesen und zitieren Sie Gallet & Pietrucci, J. Chem. Physik. 139, 074101 (2013)
Eigenschaften
- Strukturelle Häufung atomarer Flugbahnen
- Permutationsinvarianz: Kristalle, amorphe Feststoffe, Flüssigkeiten, Nanostrukturen
- Alle Simulationszellen werden unterstützt (von orthorombisch bis triklinisch)
- Parallele MPI-Implementierung
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Fortran
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/pivclustering/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
