Dies ist die Linux-App namens rRNAFinder, deren neueste Version als rRNAFinder-v1.1.1.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens rRNAFinder mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
rRNAFinder
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BESCHREIBUNG
rRNAFinder ist ein kleines Perl-Softwarepaket, das zur automatischen Vorhersage und Klassifizierung der Ribosomen-RNA-Gene unter Verwendung der zusammengesetzten Genom-/Metagenom-Contigs als Eingabe verwendet werden kann. Die Software wurde nur auf dem Linux-Betriebssystem getestet.
Das im Paket enthaltene Programm „rRNAFinder.pl“ verwendet das Nhmmer-Programm, das in den Datenbanken arc.hmm, bac.hmm und euk.hmm sucht, um rRNA-Gene aus den Eingabe-Contigs zu identifizieren. Zu den vorhergesagten rRNA-Genen gehören die 16S-, 18S-, 23S-, 28S-, 5S- und 5.8S-rRNA-Gene.
Das Programm „rna2taxon.pl“ akzeptiert die oben generierten rRNA-Gensequenzen im Fasta-Format als Eingabe, um die taxonomischen Zuordnungen für die Eingabegene zu erstellen. Die eingegebenen rRNA-Gensequenzen werden mithilfe von Blastn anhand der heruntergeladenen und neu formatierten SILVA SSU- und LSU-Datenbanken durchsucht.
Weitere Informationen finden Sie in der Datei README.md im rRNAFinder GitHub-Repository unter https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder Anweisungen zum Konfigurieren und Ausführen von rRNAFinder finden Sie hier
Eigenschaften
- Vorhersage von rRNA-Genen (5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s rRNA-Gene)
- Taxonomische Zuordnung der vorhergesagten rRNA-Gene mithilfe der Blastn-Suche anhand der Datenbanken SILVA SSU und LSU
- Schnell und kann mehrere CPU-Threads verwenden
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
