Dies ist die Linux-App mit dem Namen „simulate_pcr“, deren neueste Version als „simulate_PCR-v1.2.tar.gz“ heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie die App „simulate_pcr“ mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
simulieren_pcr
Ad
BESCHREIBUNG
Die Beurteilung der Primerspezifität und die Vorhersage sowohl der gewünschten als auch der Off-Target-Amplifikationsprodukte ist ein wesentlicher Schritt für ein robustes PCR-Assay-Design. Dieses Skript sagt potenzielle Polymerase-Kettenreaktions-(PCR)-Amplikons in einer großen Sequenzdatenbank wie NCBI nt entweder aus einem Singleplex- oder einem großen Multiplex-Satz von Primern voraus und ermöglicht so degenerierte Primer- und Sondenbasen, wobei die Zielfehlpaarungstoleranz und der Amplikonlängenbereich festgelegt werden können der Benutzer. Der PCR-Amplikon-Simulationscode versieht Amplikons außerdem mit Geninformationen, die automatisch von NCBI heruntergeladen werden, und kann optional vorhersagen, ob es auch TaqMan/Luminex-Sondenübereinstimmungen innerhalb der vorhergesagten Amplikons gibt. Es handelt sich um ein Open-Source-Befehlszeilen-Perl-Skript mit dem Namen „simulate_PCR.pl“, das die BLAST-Programme (Altschul et al., 1990) makeblastdb, blown und blowdbcmd sowie das NCBI-Dienstprogramm efetch aufruft (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
