Dies ist die Linux-App namens SplitMEM, deren neueste Version als splitmem.1.0.tgz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens SplitMEM mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SplitMEM
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BESCHREIBUNG
Mit dem Aufkommen verbesserter Sequenzierungstechnologien erweitert sich die Genomik von einem Paradigma mit einer einzigen Referenz pro Spezies zu einem umfassenderen Pan-Genom-Ansatz, bei dem mehrere Individuen dargestellt und gemeinsam analysiert werden. Hier stellen wir einen neuartigen O(n log n) Zeit- und Raumalgorithmus namens splitMEM vor, der direkt den komprimierten de Bruijn-Graphen für ein Pan-Genom der Gesamtlänge n konstruiert. Um diese Zeitkomplexität zu erreichen, erweitern wir den Suffixbaum mit Suffixsprüngen, einem neuen Konstrukt, das es uns ermöglicht, mehrere Suffixlinks in konstanter Zeit zu durchlaufen und sie zur effizienten Zerlegung maximaler exakter Übereinstimmungen (MEMs) während einer Suffixbaumdurchquerung zu verwenden.
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
C + +
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/splitmem/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
