Dies ist die Linux-App namens sRNAWorkbench, deren neueste Version als UEA_Workbench_4.7_update.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens sRNAWorkbench mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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sRNAWorkbench
BESCHREIBUNG
Eine Reihe von Tools zur Analyse kleiner RNA-Daten (sRNA) von Next-Generation-Sequencing-Geräten. Einschließlich Expressionsprofilierung bekannter Mikro-RNA (miRNA), Identifizierung neuer miRNA in Deep-Sequencing-Daten und Identifizierung anderer interessanter Orientierungspunkte in genetischen Hochdurchsatzdaten
Eigenschaften
- Adapter-Entferner: entfernt Adapterfragmente aus kurzen Lesesequenz-Rohdaten und gibt Daten im FASTA-Format aus.
- Filter: Erzeugt eine gefilterte Version eines sRNA-Datensatzes, die von mehreren benutzerdefinierten Kriterien gesteuert wird, darunter Sequenzlänge, Häufigkeit, Komplexität, Transfer und ribosomale RNA-Entfernung.
- miRCat2 (miRNA Kategorisierung): sagt reife miRNAs und ihre Vorläufer aus einem sRNA-Datensatz und einem Genom voraus.
- SiLoCo (Short interfering RNA Locus Comparison): vergleicht die sRNA-Expressionsniveaus in mehreren Proben, indem sRNAs basierend auf der genomischen Position in Loci gruppiert werden
- ta-siRNA (trans-acting short interfering RNA): Vorhersage von phasengesteuerten ta-siRNAs in Pflanzen-sRNA-Datensätzen.
- miRProf (miRNA Profiler): bestimmt normalisierte Expressionsniveaus von sRNAs, die mit bekannten miRNAs in miRBase übereinstimmen.
- Hairpin Annotation: generiert eine Sekundärstruktur aus einer RNA-Sequenz und hebt Regionen von Interesse mit RNAplot hervor
- VisSR (Visualisierung von sRNAs): Generieren Sie eine visuelle Darstellung von sRNAs und vom Benutzer importierten genomischen Merkmalen.
- PAREsnip2: Identifizieren Sie miRNA-Ziele, die durch das Degradom nachgewiesen werden
Publikum
Wissenschaftsforschung
Benutzeroberfläche
Java-Schaukel
Programmiersprache
C++, Java
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/srnaworkbench/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, damit es auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt werden kann.
