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Dies ist die Linux-App namens ViralFusionSeq [VFS] zur Online-Laufung unter Linux, deren neueste Version als vfs-2016-08-17.r2.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens ViralFusionSeq [VFS] herunter und führen Sie sie online aus, um sie unter Linux online mit OnWorks kostenlos auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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ViralFusionSeq [VFS] zur Online-Ausführung unter Linux
BESCHREIBUNG
VFS wurde vollständig unter dem Ubuntu/Debian-System getestet.**Ankündigung 1**: VFS ist Virus-Clip überlegen. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
Seit 2016 ist VFS das einzige virale Integrationstool, das im NIH HPC-System verfügbar ist.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) ist ein vielseitiges Hochdurchsatz-Sequenzierungstool (HTS) zur Erkennung viraler Integrationsereignisse und zur Rekonstruktion von Fusionstranskripten mit Einzelbasenauflösung.
VFS kombiniert Soft-Clipping-Informationen, Lesepaaranalyse und gezielte De-novo-Assemblierung, um Virus-Mensch-Fusionsereignisse zu entdecken und zu kommentieren.
Zur Bewertung der Qualität von Fusionsbruchpunkten wird ein einfaches, aber effektives empirisches statistisches Modell verwendet.
Es sind nur minimale benutzerdefinierte Parameter erforderlich.
Der Quellcode mit Benutzerhandbuch und Installationsanleitung von VFS ist im Abschnitt „Dateien“ von SourceForge verfügbar.
Zitat: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Eigenschaften
- Anwendbar und vollständig anhand von RNA-Seq- und DNA-Seq-Daten getestet
- Nutzen Sie sowohl Clipped-Sequence- (CS) als auch Paired-End-Informationen (RP), um die virale Integration zu entdecken
- Rekonstruktion der Fusionstranskriptsequenz unter Verwendung von CS- und RP-Informationen
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Perl
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
