Dies ist die Linux-App namens Virmid, deren neueste Version als Virmid-1.2.0.tar.gz heruntergeladen werden kann. Es kann online im kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations betrieben werden.
Laden Sie diese App namens Virmid with OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie den OnWorks Linux-Online- oder Windows-Online-Emulator oder den MACOS-Online-Emulator von dieser Website.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Linux-Betriebssystem aus unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter, installieren Sie sie und führen Sie sie aus.
SCREENSHOTS
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Virmid
BESCHREIBUNG
NEWS:
11 Eine neue Version Virmid 07 wurde hochgeladen.
08 Virmid-Artikel ist jetzt in Genome Biology veröffentlicht.
Kim S et al, „Virmid: Accuracy Detection of Somatic Mutations with Sample Impurity Inference“, Genome Biology 2013, 14:R90
http://genomebiology.com/2013/14/8/R90/abstract
Virmid (Virtual Microdissection for SNP-Calling) ist ein Java-basierter Varianten-Caller, der für abgeglichene Proben zur Krankheitskontrolle entwickelt wurde. Virmid ist auch darauf spezialisiert, Potenziale innerhalb individueller Kontaminationen zu identifizieren, bei denen die Krankheitsprobe nicht ausreichend gereinigt werden kann. Während die SNP-Aufrufrate durch diese Heterogenität stark beeinträchtigt wird, kann Virmid SNPs mit niedriger Allelfrequenz durch Berücksichtigung des Kontaminationsgrads (Alpha) aufdecken. Die wichtigen Merkmale von Virmid sind:
•Schätzung des genauen Anteils der Kontrollprobe in einer (gemischten) Krankheitsprobe
•Verbessertes SNP- und somatisches Mutations-Calling im Hinblick auf den geschätzten Anteil
Eigenschaften
- Somatische Mutationsfindung
- Probenverunreinigungsrückschluss
Publikum
Wissenschaftsforschung
Programmiersprache
Javac
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/virmid/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, damit es auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt werden kann.
