Dies ist die Windows-App namens Gen3D, deren neueste Version als gen3d.cpp heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Gen3D mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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Gen3D
BESCHREIBUNG
Gen3D ist eine Anwendung zur Bestimmung dreidimensionaler Genom- und Chromosomenmodelle. Es verwendet chromosomale Kontaktdaten, um dreidimensionale Konformationen zu konstruieren. Mit dieser Methode können dreidimensionale Chromosomenmodelle erstellt werden, die einen großen Teil der Chromosomenkontakte abdecken.
Die Software wird im Labor für Bioinformatik, Data Mining und maschinelles Lernen von Prof. Jianlin Cheng im Fachbereich Informatik der University of Missouri – Columbia, USA, entwickelt. Das Projekt wird von der National Science Foundation unterstützt (Fördernummer DBI1149224).
Wenn Sie Gen3D in Ihrer Forschung verwenden, geben Sie bitte Folgendes an:
Nowotny, Jackson, Sharif Ahmed, Lingfei Xu, Oluwatosin Oluwadare, Hannah Chen, Noelan Hensley, Tuan Trieu, Renzhi Cao und Jianlin Cheng. „Iterative Rekonstruktion dreidimensionaler Modelle menschlicher Chromosomen aus chromosomalen Kontaktdaten.“ BMC Bioinformatik 16, Nr. 1 (2015): 338.
Eigenschaften
- Verwenden Sie chromosomale Kontaktdaten, die mit der Hi-C-Technik erfasst wurden
- Konstruieren Sie 3D-Strukturgenom- und Chromosomenmodelle aus chromosomalen Kontaktdaten
- Initialisieren Sie die Koordinaten mithilfe eines probabilistischen Ansatzes
- Neuartige Methode zur Darstellung zufriedener Kontakte in einer Heatmap-Matrix
- Bewertungsschemata zur Ermittlung von Fern- und Kurzstreckenkontakten
- Im Vergleich zu anderen vorhandenen Methoden und auch anhand von Genommerkmalen validiert
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Ingenieurwesen
Programmiersprache
C + +
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/gen3d/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.