Dies ist die Windows-App namens GenomeRunner, deren neueste Version als GenomeRunner-v4.0-Setup.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens GenomeRunner mit OnWorks kostenlos herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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GenomeRunner
BESCHREIBUNG
Hinweis: Diese Version erfordert zusätzliche SQLite-Datenbankdateien. Kontaktieren Sie die Entwickler, um sie zu erhalten.
Nutzen Sie http://www.integrativegenomics.org/ für die neuesten Daten und Analysen.
GenomeRunner ist ein Tool zur Automatisierung der Genomexploration. Es führt Annotations- und Anreicherungsanalysen von vom Benutzer bereitgestellten Genomregionen (SNPs, ChIP-seq-Bindungsstellen usw.) anhand von mehr als 6,000 epigenomischen Merkmalen (menschliches Genom) durch, die im UCSC-Genombrowser verfügbar sind.
Eingabe – alle genomweiten Daten im .bed-Format (tabulatorgetrennte Textdatei mit chrom, chromStart, chromEnd).
Ausgabe der Annotationsanalyse – detaillierte Annotation jeder Genomregion in den Eingabedaten. Wird verwendet, um einzelne Genomregionen nach der Gesamtzahl der epigenomischen Merkmale, mit denen sie gemeinsam lokalisiert sind, zu priorisieren.
Ausgabe der Anreicherungsanalyse – p-Werte statistisch signifikanter Co-Lokalisierungen eingegebener genomweiter Daten mit für die Analyse ausgewählten Genom-Annotationsmerkmalen. Wird verwendet, um mit Benutzerdaten verknüpfte epigenomische Merkmale zu priorisieren.
Eigenschaften
- Analyse genomischer Regionen (ChIP-seq, RNA-seq, DNA-Methylierung, SNPs/CNVs etc.)
- Daten verschlüsseln
- Annotations- und Anreicherungsanalysen
- BED-Dateiformat (chrom, chromStart, chromEnd)
- Videoübersicht (http://youtu.be/v9p9FClrqXU)
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Endbenutzer/Desktop
Benutzeroberfläche
Project ist ein User Interface (UI) System
Programmiersprache
Visual Basic .NET
Datenbankumgebung
SQL-basiert
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/genomerunner/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
