Dies ist die Windows-App mit dem Namen gsasnp2, deren neueste Version als gsasnp2-linux-cmd-ubuntu.zip heruntergeladen werden kann. Es kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens gsasnp2 kostenlos mit OnWorks herunter und führen Sie sie online aus.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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gsasnp2
BESCHREIBUNG
* GSA-SNP2 ist ein Nachfolger von GSA-SNP (Nam et al. 2010, NAR-Webserverproblem). GSA-SNP2 akzeptiert menschliche GWAS-Zusammenfassungsdaten (rs-Zahlen, p-Werte) oder genbezogene p-Werte und gibt Signalweg-Gensätze aus, die mit Genen „angereichert“ sind, die mit dem gegebenen Phänotyp assoziiert sind. Es stellt außerdem sowohl lokale als auch globale Proteininteraktionsnetzwerke in den zugehörigen Signalwegen bereit.
* Artikel: SYoon, HCTNguyen, YJYoo, JKim, BBaik, SKim, JKim, SKim, DNam, „Efficient Pathway Enrichment and Network Analysis of GWAS Summary Data Using GSA-SNP2“, Nucleic Acids Research, Bd. 46(10), e60(2018).
* PubMed-ID: 29562348
* DOI: 10.1093/nar/gky175
-> BITTE VERSCHIEBEN ODER ERSTELLEN SIE EINE KOPIE DES ORDNERS „DATA“ IN IHREN INTENSIVEN TESTORDNER (DH LINUX, MAC ODER WINDOWS ANGEGEBENER ORDNER), DAMIT DAS PROGRAMM DIE VORGESTALTETEN DATEN FINDEN KANN.
* UPDATE-HINWEIS:
-> 1. September 2020: Fügen Sie ein Update für Ubuntu-20.04 hinzu. Sie müssen die Boost-Bibliothek installiert haben (sudo apt-get install libboost-all-dev).
-> 7. März 2018: Header-Begriffe in der Ausgabedatei überarbeiten
Eigenschaften
- 1/ „DECENT TYP I FEHLERKONTROLLE“ wird durch die folgenden zwei Prozesse erreicht: A) Die Gen-Scores werden mithilfe einer monotonen kubischen Spline-Trendkurve an die Anzahl der jedem Gen zugewiesenen SNPs „angepasst“. B) Benachbarte Gene mit hohen Inter-Gen-Korrelationen innerhalb jedes Signalwegs wurden entfernt
- 2/ „HOHE LEISTUNG UND SCHNELLE RECHNEN“ basierend auf dem Random-Set-Modell
- 3/ „KEIN KRITISCHER FREIER PARAMETER“
- 4/ „PROTEIN-INTERAKTIONSNETZWERKE“ unter den Mitgliedsgenen wurden für die signifikanten Signalwege sichtbar gemacht. Mit dieser Funktion kann der Benutzer die Kern-Subnetze innerhalb und über die wichtigen Pfade hinweg priorisieren. Derzeit werden die Netzwerke STRING und HIPPIE bereitgestellt
- 5/ „EINFACH ZU VERWENDEN“: Es sind nur GWAS-Zusammenfassungsdaten (oder Gen-p-Werte) erforderlich und es dauert nur ein oder zwei Minuten, um Ergebnisse zu erhalten. Andere leistungsstarke eigenständige Pathway-Tools erfordern ebenfalls die SNP-Korrelationseingabe und benötigen viel mehr Zeit. Benutzer können auch ihre eigenen Pathway-Gensätze und Proteininteraktionsnetzwerke hochladen.
Benutzeroberfläche
Win32 (MS Windows), Befehlszeile
Programmiersprache
C++, PHP, JavaScript
Kategorien
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/gsasnp2/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um es auf einfachste Weise online über eines unserer kostenlosen Betriebssysteme ausführen zu können.
