Dies ist die Windows-App namens Javamony, die unter Windows online über Linux online ausgeführt werden kann. Die neueste Version kann als Javamony.jar heruntergeladen werden. Sie kann online beim kostenlosen Hosting-Anbieter OnWorks für Workstations ausgeführt werden.
Laden Sie diese App namens Javamony herunter und führen Sie sie online aus, um sie kostenlos unter Windows online über Linux online mit OnWorks auszuführen.
Befolgen Sie diese Anweisungen, um diese App auszuführen:
- 1. Diese Anwendung auf Ihren PC heruntergeladen.
- 2. Geben Sie in unserem Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX den gewünschten Benutzernamen ein.
- 3. Laden Sie diese Anwendung in einem solchen Dateimanager hoch.
- 4. Starten Sie einen beliebigen OS OnWorks-Online-Emulator von dieser Website, aber einen besseren Windows-Online-Emulator.
- 5. Rufen Sie vom gerade gestarteten OnWorks Windows-Betriebssystem unseren Dateimanager https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX mit dem gewünschten Benutzernamen auf.
- 6. Laden Sie die Anwendung herunter und installieren Sie sie.
- 7. Laden Sie Wine aus den Software-Repositorys Ihrer Linux-Distributionen herunter. Nach der Installation können Sie dann auf die App doppelklicken, um sie mit Wine auszuführen. Sie können auch PlayOnLinux ausprobieren, eine schicke Schnittstelle über Wine, die Ihnen bei der Installation beliebter Windows-Programme und -Spiele hilft.
Wine ist eine Möglichkeit, Windows-Software unter Linux auszuführen, jedoch ohne Windows. Wine ist eine Open-Source-Windows-Kompatibilitätsschicht, die Windows-Programme direkt auf jedem Linux-Desktop ausführen kann. Im Wesentlichen versucht Wine, genügend Windows von Grund auf neu zu implementieren, damit alle diese Windows-Anwendungen ausgeführt werden können, ohne dass Windows tatsächlich benötigt wird.
SCREENSHOTS
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Javamony kann unter Windows online über Linux online ausgeführt werden
BESCHREIBUNG
Basierend auf der nicht so erfolgreichen Pysimony (https://sourceforge.net/projects/pysimony/), nimmt derselbe entschlossene Schüler das phylogenetische Problem noch einmal auf.Javamony wird wie folgt aufgerufen:
java -jar Javamony.jar [input.fasta] [zufällig / schrittweise (Startbaum)] [Anzahl der Bootstraps] [Outgroup-Taxon #1] [Outgroup-Taxon #2] ...
Javamony ist nicht als kompetitives phylogenetisches Inferenzprogramm gedacht, sondern bietet mir die Möglichkeit, die Sprache Java zu erlernen und gleichzeitig grundlegende Probleme der Phylogenetik zu lösen. Daher ist zu meinem eigenen pädagogischen Nutzen der gesamte Code original. Natürlich gibt es wahrscheinlich auch viele Fehler.
Ich vertreibe Javamony, wie ich Pysimony tat, in der Hoffnung, dass es für jemand anderen von pädagogischem Wert oder zumindest vage amüsant ist.
Kommende Funktionen werden sein:
- Unterstützung für Aminosäuresequenzen
- Unterstützung für zusätzliche Dateiformate (zB Nexus)
- Multithreading
- Zusätzliche Scoring-Methoden (zB Maximum Likelihood)
Eigenschaften
- Verwendet maximale Sparsamkeit
- Liest eine FASTA-Eingabedatei (nur DNA)
- Vom Benutzer erstellte Außengruppe
- Zufällige und schrittweise Addition von Startbäumen
- Verwendet SPR (Subtree Pruning and Regrafting) Baumsuche
- Führt Bootstrapping durch
- Gibt das Standard-Newick-Format mit Bootstrap-Unterstützung und Zweiglängen aus
- Zeichnet den endgültigen Baum mit Bootstrap-Unterstützung
Publikum
Wissenschaft/Forschung, Bildung
Benutzeroberfläche
Befehlszeile
Programmiersprache
Javac
Dies ist eine Anwendung, die auch von https://sourceforge.net/projects/javamony/ abgerufen werden kann. Es wurde in OnWorks gehostet, um auf einfachste Weise online von einem unserer kostenlosen Betriebssysteme ausgeführt zu werden.
