Este es el comando abacas que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
abacas - Contiguación automática basada en algoritmos de secuencias ensambladas
SINOPSIS
abacás -r ref. -q qs -p prog [OPCIONES]
OR
abacás -r ref. -q psf -e
ref. secuencia de referencia en un solo archivo fasta
qs contigs en formato multi-fasta
rog Programa de MUMmer a utilizar: 'nucmer' o 'promer'
psf pseudomolécula / archivo de secuencia ordenada en formato fasta
CAMPUS
-h uso de impresión
-d utilizar los parámetros predeterminados de nucmer / promer
-s int longitud mínima de la palabra coincidente exacta (nucmer predeterminado = 12, promer predeterminado
4 =)
-m imprimir contigs ordenados para archivar en formato multifasta
-b imprimir contigs en bin para archivar
-N imprimir una pseudomolécula sin "N" s
-i int mínimo porcentaje de identidad [predeterminado 40]
-v cobertura int mimimum contig [predeterminado 40]
-V int mínima diferencia de cobertura de contig [predeterminado 1]
-l int longitud mínima de contig [por defecto 1]
-t ejecutar tblastx en contigs que no están mapeados
-g cadena (nombre de archivo) imprime regiones descubiertas (espacios) en referencia al nombre de archivo
-a agregar contigs en bin a la pseudomolécula
-o los archivos de salida de prefijo tendrán este prefijo
-P Elija juegos de imprimaciones para cerrar las brechas
-f int número de bases flanqueantes a cada lado de un espacio para el diseño de imprimación (predeterminado
350).
-R int Run mummer [predeterminado 1, use -R 0 para evitar correr mummer]
-e Ordenamiento de contig de escape, es decir, ir al diseño de imprimación
-c La secuencia de referencia es circular
DESCRIPCIÓN
ABACAS está destinado a contigua rápidamente (alinear, ordenar, orientar), visualizar y diseñar
cebadores para cerrar huecos en contigs ensamblados con escopeta basados en una secuencia de referencia.
ABACAS usa MUMmer para encontrar posiciones de alineación e identificar sintonías de contigs ensamblados
contra la referencia. Luego, la salida se procesa para generar una pseudomolécula que toma
contigs superpuestos y lagunas en la cuenta. ABACAS genera un archivo de comparación que puede
utilizarse para visualizar contigs ordenados y orientados en ACT. Synteny está representado por rojo
barras donde la intensidad del color disminuye con valores más bajos de identidad porcentual entre
bloques comparables. Información sobre contigs como la orientación, porcentaje de identidad,
La cobertura y la superposición con otros contigs también se pueden visualizar cargando la salida
archivo de características en ACT.
Use abacas en línea usando los servicios de onworks.net
