Este es el comando alien_hunter que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
alien_hunter: motivos interpolados de orden variable para la identificación de
ADN adquirido
SINOPSIS
cazador_de_alienígenas [Opciones]
DESCRIPCIÓN
Alien_hunter es una aplicación para la predicción de la transferencia horizontal de genes putativa
(HGT) con la implementación de motivos de orden variable interpolado (IVOM). Un
El enfoque de IVOM explota los sesgos de composición utilizando distribuciones de motivos de orden variable y
captura de forma más fiable la composición local de una secuencia en comparación con la de orden fijo
métodos. Opcionalmente, las predicciones se pueden analizar en un Markov oculto de segundo orden de 2 estados
Model (HMM), en un marco de detección de puntos de cambio, para optimizar la localización de la
límites de las regiones pronosticadas. Las predicciones (formato embl) pueden ser automáticamente
cargado en el visor del genoma de Artemis disponible gratuitamente en:
http://www.sanger.ac.uk/Software/Artemis/.
ENTRADA: secuencia genómica sin procesar PREDICCIÓN: Regiones HGT basadas en el orden variable interpolado
Argumentos de motivos (IVOM):
secuencia genómica en bruto
nombre de archivo para datos de salida
Argumentos opcionales:
-a para cargar el archivo de predicción en Artemis
-c optimizar los límites predichos con una detección de punto de cambio 2 estados HMM de segundo orden
Archivos de salida:
predicciones (archivo de pestaña) en formato embl
.optar
predicciones optimizadas (HMM) (archivo de pestañas) en formato embl
.trama
predicciones en el formato de gráfico de usuario de Artemis que se cargarán manualmente usando Graph -> Add
Gráfico de usuario ...
.opt.plot
predicciones optimizadas (HMM) en formato Artemis User Plot para cargarlas manualmente usando
Gráfico -> Agregar gráfico de usuario ...
.sco
las puntuaciones en todas las ventanas deslizantes, para comprobar la distribución de las puntuaciones
Nota: Las predicciones que se superponen con el operón de ARNr se mencionan en el calificador de notas.
Utilice alien_hunter en línea utilizando los servicios de onworks.net
