Este es el comando asn2ff que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
asn2ff - convierte datos biológicos ASN.1 a un formato plano (versión antigua)
SINOPSIS
asn2ff [-] [-A X] [-B X] [-C] [-G] [-L F] [-M] [-R] [-V F] [-a nombre de archivo] [-b] [-d] [-e]
[-f b / p / e / s / x / z] [-g] [-h F] [-k F] [-l nombre de archivo] [-m r / d / s / c / k / l / e / p] [-n F]
[-o nombre de archivo] [-p F] [-q] [-r nombre de archivo] [-s] [-t] [-v F] [-w] [-y] [-z]
DESCRIPCIÓN
asn2ff convierte descripciones de secuencias biológicas del formato ASN.1 de NCBI a uno de
varios formatos de archivo plano. Este programa se basa en una interfaz obsoleta; por favor
utilizan el asn2gb(1) preferiblemente.
CAMPUS
Un resumen de las opciones se incluye a continuación.
- Mensaje de uso de impresión
-A X Mostrar región comenzando en X (el valor predeterminado es 0)
-B X Mostrar región que termina en X (por defecto es la última posición)
-C Mostrar comentarios de Bankit
-G La salida es un bioseq superior solo en la vista del genoma
-L F Utilice el formato de línea LOCUS antiguo (anterior a Genbank 127.0)
-M La salida es solo bioseqs de mapas
-R Para el lanzamiento de GenBank
-V F No use VERSION
-a nombre de archivo
Nombre de archivo para la entrada ASN.1 (el predeterminado es stdin)
-b Ingrese asnfile en modo binario
-d Utilice la indexación de SeqMgr
-e La entrada es una entrada de secuencia
-f b / p / e / s / x / z
Formato de salida:
b GenBank (predeterminado)
pGenPept
y EMBL
s pseudoEMBL
x GenBankSelect
z EMBLPEPT
-g Mostrar números de gi
-h F Ocultar secuencia
-k F No utilice conjuntos complejos (phy-set, mut-set, pop-set)
-l nombre de archivo
Registrar errores en nombre de archivo
-m r / d / s / c / k / l / e / p
Modo de salida:
r release (predeterminado)
d volcado
s lentejuelas
c Cromoscopio
k dir-sub-depuración
l dir-sub
e revisar
p informe parcial
-n F Estricto enlace genético
-o nombre de archivo
Nombre de archivo de salida (el predeterminado es stdout)
-p F Omitir nuevas características genéticas
-q La salida es solo un bioseq superior
-r nombre de archivo
Archivo de registro de errores de salida (el valor predeterminado es stderr)
-s La entrada es un envío secuencial
-t Mostrar texto de mensaje detallado
-v F Suprimir mensajes de error
-w Usar formato de salida HTML
-y Imprimir formato de ayuda solamente
-z Nuevo algoritmo para nombres de organizaciones
Utilice asn2ff en línea utilizando los servicios de onworks.net