Este es el comando asn2gb que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
asn2gb: convierta datos biológicos ASN.1 a un formato plano estilo GenBank
SINOPSIS
asn2gb [-] [-A adhesión] [-F] [-a tipo asn] [-b] [-c] [-d] [-f formato] [-g N] [-h N]
[-i nombre de archivo] [-j N] [-k N] [-l nombre de archivo] [-m modo] [-n nombre de archivo] [-o nombre de archivo] [-p]
[-q nombre de archivo] [-r] [-s papa] [-t N] [-u N] [-y N]
DESCRIPCIÓN
asn2gb convierte descripciones de secuencias biológicas del formato ASN.1 de NCBI a uno de
varios formatos de archivo plano, y es el sucesor de asn2ff(1).
CAMPUS
Un resumen de las opciones se incluye a continuación.
- Mensaje de uso de impresión
-A adhesión
Adhesión para buscar; puede tomar la forma adhesión,complejidad,banderas donde complejidad
debería ser normalmente 0 y banderas valor de -1 permite la búsqueda de características externas
(como con el legado -F opción)
-F Obtener anotaciones remotas (equivalente a especificar -A adhesión, 0, -1)
-a tipo asn
Tipo ASN.1:
[Registro único]
a Cualquiera (detectado automáticamente; predeterminado)
e seq-Entrada
b biosec
s bioseq-Conjunto
m seq-enviar
q Catenados
[Archivo de lanzamiento; componentes procesados y liberados individualmente]
t Bioseq-set de baTch
u seq-sUbmit por lotes
-b El archivo de entrada es binario
-c El archivo por lotes está comprimido
-d Seq-loc menos hebra
-f formato
Formato:
b GenBank (predeterminado)
bp o pb
GenBank y GenPept
y EMBL
pGenPept
q GBSet de nucleótidos (XML)
proteína r GBSet (XML)
t Tabla de funciones solamente
x nucleótido INSDSet (XML)
y pequeña secuencia (XML)
Y RÁPIDO
z proteína INSDSet (XML)
-g N Banderas de bits (todas predeterminadas desactivadas):
1HTML
2 XML
4 ContigDotes
8 ContigSrcs
16 Transl lejano
-h N Banderas de bloqueo / búsqueda (todas están desactivadas de forma predeterminada):
8 LockProd
16 Comp de búsqueda
64 Búsqueda de productos
-i nombre de archivo
Nombre del archivo de entrada (predeterminado = stdin)
-j N Ubicación de inicio (el valor predeterminado es 0, comienzo de secuencia)
-k N Ubicación final (el valor predeterminado es 0, fin de secuencia)
-l nombre de archivo
Archivo de registro
-m modo
Modo:
r Liberar
y Entrez
s Lentejuela (predeterminado)
d Volcado
-n nombre de archivo
Asn2Flat ejecutable (predeterminado = asn2flat)
-o nombre de archivo
Nombre del archivo de salida (predeterminado = stdout)
-p Propagar descriptores superiores
-q nombre de archivo
Ffdiff ejecutable (predeterminado = / netopt / genbank / subtool / bin / ffdiff)
-r Habilitar la recuperación remota
-s papa
Estilo:
n Normal (predeterminado)
s Segmento
m Maestro
c Contigo
-t N Lote:
Informe 1
2 lentejuelas / liberación
3 asn2gb SSEC / nocleanup
4 asn2flat BSEC / nocleanup
5 asn2gb / asn2flat
6 asn2gb NUEVO dbxref / OLD dbxref
7 oldasn2gb / newasn2gb
-u N Banderas personalizadas (todas están desactivadas por defecto):
4 Ocultar funciones
1792 Ocultar referencias
8192 Ocultar fuentes
262144 Ocultar traducciones
-y N Característica itemID
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