babel - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

Babel, Obabel - un convertidor de archivos de datos de modelado molecular y química

SINOPSIS

Babel [-H opciones de ayuda]
Babel [CAMPUS] [-i tipo de entrada] en archivo [-o Tipo de salida] archivar

Obabel [-H opciones de ayuda]
Obabel [CAMPUS] [-i tipo de entrada | -"SONRISAS-cadena"] en archivo [-o Tipo de salida] -O archivar

DESCRIPCIÓN

Babel es un programa multiplataforma diseñado para interconvertir entre muchos formatos de archivo utilizados en
modelado molecular y química computacional y áreas relacionadas.

Obabel y Babel son ligeramente diferentes. El primero está más cerca de la convención normal de Unix.
para programas de línea de comandos y más flexible cuando el usuario necesita especificar valores de parámetros
en opciones. Con Babel esto solo funciona cuando la opción es la última de la línea; con Obabel
no se aplica tal restricción. Además, tiene un atajo para ingresar cadenas SMILES, que
se puede utilizar en lugar de un archivo de entrada.

Open Babel es también un completo kit de herramientas para programadores para desarrollar software de química. Para
más información, consulte las páginas web de Open Babelhttp://openbabel.org/>.

CAMPUS

Si solo se proporcionan archivos de entrada y salida, Open Babel adivinará el tipo de archivo de la
extensión de nombre de archivo.

-"SONRISAS-cadena"
Ingrese la cadena SMILES y utilícela en lugar de un archivo de entrada. La cadena de SONRISAS debe ser
entre comillas. Se puede utilizar más de uno y se puede utilizar un título de molécula.
incluido si está entre comillas.

-a opciones
Opciones de entrada específicas del formato. Ver -H ID de formato para las opciones permitidas por un
formato

--addtotitle
Agregar texto al título de la molécula actual

--addformula
Agregue la fórmula molecular después del título de la molécula actual

-b Convertir enlaces dativos: p. Ej., [N +] ([O -]) = O en N (= O) = O

-c Coordenadas atómicas centrales en (0,0,0)

-C Combinar moléculas en el primer archivo con otras que tengan el mismo nombre

-e Continuar después de errores

-d Eliminar hidrógenos

--- nivel de error 2
Filtra el nivel de errores y advertencias que se muestran:
1 = solo errores críticos
2 = incluir también advertencias (predeterminado)
3 = incluir también mensajes informativos
4 = incluir mensajes de "registro de auditoría" de cambios en los datos
5 = incluir también mensajes de depuración

-f # Para la entrada de entrada múltiple, comience a importar con el número de molécula como la primera entrada

-F Salida de los tipos de huellas dactilares disponibles

-h Agregar hidrógenos

-H Información de uso de salida

-H ID de formato
Salida de información de formato y opciones para el formato especificado

-Sala
Salida de información de formato y opciones para todos los formatos

-I
Especifica el formato de entrada, consulte a continuación los formatos disponibles

-j

--entrar
Unir todas las moléculas de entrada en una sola entrada de molécula de salida

-k Traducir palabras clave de modelado de química computacional (p. Ej., GAMESS y Gaussian)

-m Produzca varios archivos de salida para permitir:
- División de un archivo de entrada: coloque cada molécula en una numeración consecutiva
archivos de salida
- Conversión por lotes: convierta cada uno de los múltiples archivos de entrada en un
formato de salida

-l # Para la entrada de varias entradas, detenga la importación con el número de molécula como última entrada

-o ID de formato
Especifica el formato de salida, consulte a continuación los formatos disponibles

-O archivar
Especifique el archivo de salida. Esta opción se aplica a Obabel solamente.

-p Agregue hidrógenos apropiados para el pH (use transformaciones en phmodel.txt)

--propiedad
Agregar o reemplazar una propiedad (por ejemplo, en un archivo MDL SD)

-s PICARDÍA
Convierta solo moléculas que coincidan con el patrón SMARTS especificado

--separar
Separe los fragmentos desconectados en registros moleculares individuales

-t Todos los archivos de entrada describen una sola molécula

--título título
Agregar o reemplazar título molecular

-x opciones
Opciones de salida específicas del formato. Ver -H ID de formato para las opciones permitidas por un
formato

-v PICARDÍA
Convierte solo moléculas NO patrón SMARTS coincidente especificado

-V Número de versión de salida y salida

-z Comprime la salida con gzip

ARCHIVO FORMATOS

Actualmente, Open Babel admite los siguientes formatos:
acr - Cristal ASCI Carine
alc - formato de alquimia
arco: formato CAR de Accelrys / MSI Biosym / Insight II [solo lectura]
bgf - formato MSI BGF
caja - Formato de caja Dock 3.5
bs - Formato de pelota y palo
c3d1 - Formato Chem3D cartesiano 1
c3d2 - Formato Chem3D cartesiano 2
caccrt - Formato cartesiano de cacao
caché: formato CAChe MolStruct [solo escritura]
cacint: formato interno de cacao [solo escritura]
can - formato SONRISAS canónicas
coche: formato CAR de Accelrys / MSI Biosym / Insight II [solo lectura]
ccc: formato CCC [solo lectura]
cdx: formato binario de ChemDraw [solo lectura]
cdxml: formato ChemDraw CDXML
cht: formato Chemtool [solo escritura]
cif - Archivo de información cristalográfica
cml: lenguaje de marcado químico
cmlr - formato de reacción CML
com - Entrada cartesiana gaussiana 98/03 [solo escritura]
copiar: copia texto sin formato [solo escritura]
crk2d: formato de diagrama 2D del kit de recursos químicos
crk3d: formato 3D del kit de recursos químicos
csr: formato Accelrys / MSI Quanta CSR [solo escritura]
cssr: formato CSD CSSR [solo escritura]
ct - Formato de tabla de conexión ChemDraw
dmol - formato de coordenadas DMol3
ent - Formato del banco de datos de proteínas
fa: formato FASTA [solo escritura]
fasta: formato FASTA [solo escritura]
fch: formato de archivo de punto de control con formato gaussiano [solo lectura]
fchk: formato de archivo de punto de control con formato gaussiano [solo lectura]
fck: formato de archivo de punto de control con formato gaussiano [solo lectura]
feat - Formato de función
fh: formato de matriz Z de Fenske-Hall [solo escritura]
corregir: formato SMILES FIX [solo escritura]
fpt: formato de huella digital [solo escritura]
fract - Formato fraccional de forma libre
fs - Abrir base de datos Babel FastSearching
fsa: formato FASTA [solo escritura]
g03 - Salida gaussiana 98/03 [solo lectura]
g98 - Salida gaussiana 98/03 [solo lectura]
gam - Salida GAMESS [solo lectura]
gamin - Entrada GAMESS [solo escritura]
gamout - Salida GAMESS [solo lectura]
gau - Entrada cartesiana gaussiana 98/03 [solo escritura]
gjc - Entrada cartesiana gaussiana 98/03 [solo escritura]
gjf - Entrada cartesiana gaussiana 98/03 [solo escritura]
gpr - formato químico
gr96: formato GROMOS96 [solo escritura]
hin - formato HyperChem HIN
inchi - IUPAC InChI [solo escritura]
inp - Entrada GAMESS [solo escritura]
ins: formato ShelX [solo lectura]
jin: formato de entrada de Jaguar [solo escritura]
jout: formato de salida de Jaguar [solo lectura]
mdl - formato MDL MOL
mmd - formato MacroModel
mmod - formato MacroModel
mol - formato MDL MOL
mol2 - formato Sybyl Mol2
molreport - Informe de molécula de Babel abierta [solo escritura]
moo - Formato de salida MOPAC [solo lectura]
fregona - formato cartesiano MOPAC
mopcrt - formato cartesiano MOPAC
mopin - MOPAC Interno
mopout - Formato de salida MOPAC [solo lectura]
mpc - formato cartesiano MOPAC
mpd: formato de descriptor Sybyl [solo escritura]
mpqc: formato de salida MPQC [solo lectura]
mpqcin: formato de entrada simplificado MPQC [solo escritura]
nw - Formato de entrada NWChem [solo escritura]
nwo: formato de salida NWChem [solo lectura]
pc: formato PubChem [solo lectura]
pcm - formato PCModel
pdb - formato de banco de datos de proteínas
pov: formato de entrada de POV-Ray [solo escritura]
pqs - Formato de soluciones cuánticas paralelas
prep: formato Amber Prep [solo lectura]
qcin: formato de entrada Q-Chem [solo escritura]
qcout: formato de salida Q-Chem [solo lectura]
informe: formato de informe de Open Babel [solo escritura]
res: formato ShelX [solo lectura]
rxn - formato MDL RXN
sd - formato MDL MOL
sdf - formato MDL MOL
smi - formato SMILES
sy2 - formato Sybyl Mol2
tdd - Formato termo
prueba: formato de prueba [solo escritura]
therm - Formato térmico
tmol - formato de coordenadas TurboMole
txyz: formato Tinker MM2 [solo escritura]
unixyz - formato UniChem XYZ
vmol - formato ViewMol
xed: formato XED [solo escritura]
xml: formato XML general [solo lectura]
xyz - Formato de coordenadas cartesianas XYZ
yob - formato YOB de YASARA.org
zin: formato de entrada ZINDO [solo escritura]

FORMATO CAMPUS

Los formatos de archivo individuales pueden tener opciones de formato adicionales.

Las opciones de formato de entrada están precedidas por 'a', por ejemplo, -as

Las opciones de formato de salida están precedidas por 'x', por ejemplo, -xn

Para obtener más información y opciones específicas, utilice -H
p. ej., -Hcml

EJEMPLOS

Conversión estándar:
babel -ixyz etanol.xyz -opdb etanol.pdb
Conversión de un archivo SMI en STDIN a un archivo Mol2 escrito en STDOUT:
babel-ismi-omol2
Divida un archivo de varias moléculas en new1.smi, new2.smi, etc .:
babel infile.mol nuevo.smi -m

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