Este es el comando beast-mcmc que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
beast-mcmc - árboles de muestreo de análisis evolutivo bayesiano
SINOPSIS
bestia-mcmc [OPCIONES] [entrada.xml]
bestia-mcmc [-verboso | -estricto | -ventana | -opciones | -trabajando | -semilla | -errores i |
-hilos i | -Java | -beagle | -beagle_info | -beagle_resource_order | -ayuda |
entrada.xml]
DESCRIPCIÓN
BEAST es un programa multiplataforma para el análisis MCMC bayesiano de secuencias moleculares. Está
orientado hacia filogenias enraizadas, medidas en el tiempo, inferidas mediante el uso estricto o relajado
modelos de reloj molecular. Está destinado a ser un método de reconstrucción de filogenias y
como marco para probar hipótesis evolutivas sin condicionamiento en un solo árbol
topología. BEAST usa MCMC para promediar el espacio del árbol, de modo que cada árbol se pondera
proporcional a su probabilidad posterior. Incluimos una interfaz de usuario fácil de usar
programa para configurar análisis estándar y un conjunto de programas para analizar el
resultados. Hay tres áreas principales de investigación para las que el paquete BEAUti / BEAST es
particularmente aplicable. Estas áreas son filogenias de especies para la datación molecular,
genética de poblaciones de base coalescente y poblaciones en evolución mensurable (ADN antiguo o
conjuntos de datos de secuencias virales con marca de tiempo).
OPCIONES
-verboso
mensajes de análisis XML detallados
-estricto
falla en el archivo XML BEAST no conforme
-ventana
proporcionar una ventana de consola
-opciones
mostrar un cuadro de diálogo de opciones
-trabajando
cambiar el directorio de trabajo al directorio del archivo de entrada
-semilla
especificar una semilla generadora de números aleatorios
-errores i
número máximo de errores numéricos antes de detenerse
-hilos i
la cantidad de subprocesos computacionales a usar (predeterminado 1)
-Java
use solo Java, sin implementaciones nativas
-beagle
use la biblioteca beagle si está disponible
-beagle_info
mostrar información sobre los recursos beagle disponibles
-beagle_resource_order
establecer el orden de los recursos del beagle
-ayuda
pantalla de uso de impresión
Use beast-mcmc en línea usando los servicios de onworks.net
