Este es el comando bio-rainbow que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
rainbow - página de manual para rainbow 2.0.4 -[email protected], [email protected]>
SINOPSIS
arco iris [opciones]
DESCRIPCIÓN
arcoiris 2.0.4 -- <[email protected], [email protected]>
grupo
Formato de archivo de entrada: archivo (s) fasta / fastq emparejado Formato de archivo de salida:
\ t \ t \ t
-1 Ingrese el archivo fasta / fastq, admite múltiples '-1'
-2 Ingrese el archivo fasta / fastq, admite múltiples '-2' [nulo]
-l
Longitud de lectura, por defecto: 0 variable
-m
Discrepancias máximas [4]
-e
Umbral de coincidencia exacta [2000]
-L Bajo nivel de polimorfismo.
div
Formato de archivo de entrada: \ t \ t \ t Producción
Formato de archivo:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i Archivo de entrada [stdin]
-o Archivo de salida [stdout]
-k
K_allele, variantes mínimas para crear un grupo nuevo [2]
-K
K_allele, divide independientemente de la frecuencia cuando el número de variantes supere este valor
[ 50 ]
-f
Frecuencia, frecuencia mínima variante para crear un grupo nuevo [0.2]
unir
Formato de archivo de entrada:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i Archivo de salida de entrada rbasm [stdin]
-a montaje de salida
-o Archivo de salida para contigs combinados, una línea por clúster [stdout]
-N
Número máximo de clústeres divididos para fusionar [300]
-l
Superposición mínima cuando se ensamblan dos lecturas (válido solo cuando se abre '-a') [5]
-f
Fracción mínima de similitud cuando se ensambla (válido solo cuando se abre '-a')
[ 0.90 ]
-r
Número mínimo de lecturas para ensamblar (válido solo cuando se abre '-a') [5]
-R
Número máximo de lecturas para ensamblar (válido solo cuando se abre '-a') [300]
Uso: arco iris [opciones]
grupo
Formato de archivo de entrada: archivo (s) fasta / fastq emparejado Formato de archivo de salida:
\ t \ t \ t
-1 Ingrese el archivo fasta / fastq, admite múltiples '-1'
-2 Ingrese el archivo fasta / fastq, admite múltiples '-2' [nulo]
-l
Longitud de lectura, por defecto: 0 variable
-m
Discrepancias máximas [4]
-e
Umbral de coincidencia exacta [2000]
-L Bajo nivel de polimorfismo.
div
Formato de archivo de entrada: \ t \ t \ t Producción
Formato de archivo:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i Archivo de entrada [stdin]
-o Archivo de salida [stdout]
-k
K_allele, variantes mínimas para crear un grupo nuevo [2]
-K
K_allele, divide independientemente de la frecuencia cuando el número de variantes supere este valor
[ 50 ]
-f
Frecuencia, frecuencia mínima variante para crear un grupo nuevo [0.2]
unir
Formato de archivo de entrada:
\ t \ t \ t [\ t ]
-i Archivo de salida de entrada rbasm [stdin]
-a montaje de salida
-o Archivo de salida para contigs combinados, una línea por clúster [stdout]
-N
Número máximo de clústeres divididos para fusionar [300]
-l
Superposición mínima cuando se ensamblan dos lecturas (válido solo cuando se abre '-a') [5]
-f
Fracción mínima de similitud cuando se ensambla (válido solo cuando se abre '-a')
[ 0.90 ]
-r
Número mínimo de lecturas para ensamblar (válido solo cuando se abre '-a') [5]
-R
Número máximo de lecturas para ensamblar (válido solo cuando se abre '-a') [300]
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