Este es el comando bowtie-build que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bowtie-build: creación de un índice de espacio de color para bowtie
SINOPSIS
construcción de pajarita [opciones]*
DESCRIPCIÓN
referencia_en
lista de archivos separados por comas con secuencias de referencia
ebwt_outfile_base
escribir datos Ebwt en archivos con este directorio / nombre base
CAMPUS
-f los archivos de referencia son Fasta (predeterminado)
-c secuencias de referencia dadas en la línea cmd (como )
- índice grande
forzar el índice generado a ser 'grande', incluso si la referencia tiene menos de 4 mil millones
nucleótidos
-C/--color
construir un índice de espacio de color
-a/ - noauto
deshabilitar automático -p/ - bmax / - ajuste de memoria dcv
-p/--lleno
utilizar cadenas empaquetadas internamente; más lento, usa menos mem
--bmax
max bucket sz para el constructor de matrices de sufijos en bloque
--bmaxdivn
max bucket sz como divisor de ref len (predeterminado: 4)
--dcv
período de cobertura de diferencias para blockwise (predeterminado: 1024)
--nodc deshabilitar diff-cover (el algoritmo se vuelve cuadrático)
-r/ - noref
no construya la porción .3 / .4.ebwt (referencia empaquetada)
-3/ - justref
simplemente construya la porción .3 / .4.ebwt (referencia empaquetada)
-o/ - offrate
SA se muestrea cada 2 ^ offRate BWT caracteres (predeterminado: 5)
-t/ - ftabchars
# de caracteres consumidos en la búsqueda inicial (predeterminado: 10)
--ntoa convertir Ns en referencia a As
--semilla
semilla para generador de números aleatorios
-q/--tranquilo
salida detallada (para depuración)
-h/--ayuda
imprimir una descripción detallada de la herramienta y sus opciones
--uso
imprimir este mensaje de uso
--versión
imprimir la información de la versión y salir
64 bits Construido en lgw01-11 Jue. 26 de noviembre 11:11:03 UTC 2015 Compilador: gcc versión 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opciones: -O3 -Wl, - estilo hash = ambos -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-fuerte -Formato -Error=seguridad de formato -g -O2 -fstack-protector-fuerte
-Formato -Error=seguridad de formato -Wl, -B funciones-simbólicas -Wl, -z, relro Sizeof {int, long,
long long, void *, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Use bowtie-build en línea usando los servicios de onworks.net
