Este es el comando bowtie-inspect-debug que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bowtie-inspect: extrae información de un índice de bowtie
SINOPSIS
pajarita-inspeccionar [opciones]*
DESCRIPCIÓN
ebwt nombre de archivo menos .1.ebwt / .2.ebwt final
De forma predeterminada, imprime registros FASTA de las secuencias de nucleótidos indexadas en
fuera. Con -n, solo imprime nombres. Con -s, solo imprime un resumen del índice
parámetros y secuencias. Con -e, conserva los colores si corresponde.
OPCIONES
- índice grande
forzar la inspección del índice "grande", incluso si hay uno "pequeño".
-a/--a través de
Número de caracteres en la salida FASTA (predeterminado: 60)
-n/ - nombres
Imprimir solo nombres de secuencia de referencia
-s/--resumen
Imprimir resumen incl. nombres de referencia, longitudes, propiedades de índice
-e/ - ebwt-ref
Reconstruir la referencia de ebwt (lento, conserva los colores)
-v/--verboso
Salida detallada (para depuración)
-h/--ayuda
imprimir una descripción detallada de la herramienta y sus opciones
--ayuda imprimir este mensaje de uso
64 bits Construido en lgw01-11 Jue. 26 de noviembre 11:13:31 UTC 2015 Compilador: gcc versión 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) Opciones: -O3 -Wl, - estilo hash = ambos -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-protector-fuerte -Formato -Error=seguridad de formato -g -O2 -fstack-protector-fuerte
-Formato -Error=seguridad de formato -Wl, -B funciones-simbólicas -Wl, -z, relro Sizeof {int, long,
long long, void *, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
Use bowtie-inspect-debug en línea usando los servicios de onworks.net
