Este es el comando bowtie2-build que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
bowtie2-build - envoltorio para bowtie2-build- *
SINOPSIS
pajarita2-construir [opciones]*
DESCRIPCIÓN
Bowtie 2 versión 2.2.6 de Ben Langmead ([email protected], www.cs.jhu.edu/~langmea)
referencia_en
lista de archivos separados por comas con secuencias de referencia
bt2_index_base
escribir datos bt2 en archivos con este directorio / nombre base
*** Los índices Bowtie 2 funcionan solo con v2 (no v1). Lo mismo ocurre con los índices v1. ***
CAMPUS
-f los archivos de referencia son Fasta (predeterminado)
-c secuencias de referencia dadas en la línea cmd (como )
- índice grande
forzar el índice generado a ser 'grande', incluso si la referencia tiene menos de 4 mil millones
nucleótidos
-a/ - noauto
deshabilitar automático -p/ - bmax / - ajuste de memoria dcv
-p/--lleno
utilizar cadenas empaquetadas internamente; más lento, menos memoria
--bmax
max bucket sz para el constructor de matrices de sufijos en bloque
--bmaxdivn
max bucket sz como divisor de ref len (predeterminado: 4)
--dcv
período de cobertura de diferencias para blockwise (predeterminado: 1024)
--nodc deshabilitar diff-cover (el algoritmo se vuelve cuadrático)
-r/ - noref
no cree archivos de índice .3 / .4
-3/ - justref
simplemente construya archivos de índice .3 / .4
-o/ - offrate
SA se muestrea cada 2 ^ Caracteres BWT (predeterminado: 5)
-t/ - ftabchars
# de caracteres consumidos en la búsqueda inicial (predeterminado: 10)
--semilla
semilla para generador de números aleatorios
-q/--tranquilo
salida detallada (para depuración)
-h/--ayuda
imprimir una descripción detallada de la herramienta y sus opciones
--uso
imprimir este mensaje de uso
--versión
imprimir la información de la versión y salir
Use bowtie2-build en línea usando los servicios de onworks.net
