chemtool - Online en la nube

PROGRAMA:

NOMBRE

chemtool - editor de estructuras químicas

SINOPSIS

herramienta química [nombre de archivo]

DESCRIPCIÓN

herramienta química es un programa para dibujar moléculas orgánicas y exportarlas como mapa de bits X, PNG,
Archivo PicTeX, Xfig, SVG, SXD, MDL o EPS. Se ejecuta bajo el sistema X Window usando GTK
conjunto de widgets.

El programa ofrece esencialmente deshacer / rehacer ilimitado, dos fuentes de texto más símbolos, siete
colores, dibujo a varias escalas de zoom y cuadrículas de fondo cuadradas y hexagonales para facilitar
alineación.

EJEMPLOS

En todos los modos de dibujo y edición, el botón del mouse uno (generalmente el botón izquierdo) se usa para
marcar o dibujar objetos, mientras que el botón tres (el botón derecho) se puede utilizar para eliminar objetos
del tipo actual. El botón central se utiliza principalmente en los modos de dibujo de enlace donde
permite un cambio rápido de tipos de enlace. A partir de la versión 1.5, el almacenamiento predeterminado
directorio para archivos de datos, y la extensión de nombre de archivo a utilizar, se pueden guardar a través de un
diálogo de configuración.

Dibujo of cautiverio:
Los enlaces se pueden dibujar en 4 configuraciones de ángulo diferentes (hexágono con intervalos de 30 °, dos
pentágonos con intervalos de 72 ° (orientación diferente) y un octágono de 45 ° i). (Intermedio
Los ángulos también son posibles en todos estos modos; simplemente ignore los puntos de marcador en este
caso).

El selector de estilo de enlace en el centro de la barra de botones determina el tipo de enlace que se
dibujado: inicialmente, se trata de un enlace simple. Si desea cambiar el tipo de vínculo más adelante,
haga clic en él con el botón central del mouse para avanzar al siguiente tipo (s), o
seleccione el tipo apropiado en el selector y luego cambie al modo de tipo de enlace y elija todo
bonos que desea cambiar al nuevo tipo. (El color utilizado para el enlace es
actualizado al mismo tiempo si es necesario.) Al presionar el botón central del mouse en un enlace cuando
El modo 'Bondtype' invierte la dirección de ese enlace.

El uso del tercer botón (generalmente el derecho) del mouse elimina el enlace al lado del cursor
larga.

Los tipos de bonos disponibles son:

· enlace sencillo

· doble enlace

· Doble enlace (línea más corta en el otro lado)

· Doble enlace centrado

· Triple enlace (líneas flanqueantes más cortas que centrales)

· Triple enlace (con longitudes de línea iguales)

· Enlace cuádruple

· Enlace en forma de cuña

· Unión discontinua en forma de cuña

· línea ondulada

· Media flecha

· Flecha regular

· Vínculo amplio

· circulo

· linea punteada

· Enlace simple superpuesto (que corta un segmento de cualquier enlace que cruza)

· Lóbulo orbital pi ligero

· Lóbulo orbital pi oscuro

Semiautomático dibujo of anillos:
Los anillos de 3 a 12 miembros se pueden dibujar fácilmente manteniendo presionada la tecla Ctrl mientras dibuja un
línea. Esta línea se convertirá en el primer segmento de un anillo que se dibuja automáticamente.
en el sentido de las agujas del reloj. El tamaño del anillo predeterminado es el apropiado para el seleccionado.
modo de dibujo (es decir, 5, 6 u 8 lados), pero se puede configurar por anillo presionando
Ctlr- antes de dibujar el anillo, donde los números 3-9 corresponden a 3 a 9 miembros
anillos, mientras que 0 a 2 seleccionan anillos de 10, 11 y 12 miembros, respectivamente.

Los anillos recién dibujados se pueden eliminar presionando Ctrl y el botón 3 del mouse al mismo tiempo.

Dibujo of curvado líneas:
Las líneas curvas para objetos como flechas o lóbulos orbitales se pueden dibujar en el modo de curva spline mediante
especificando cuatro puntos de control que forman un polígono delimitador (punto de inicio, dos puntos en
a ambos lados del pico, punto final). De los tipos de enlace regulares disponibles en el menú Estilo,
la 'línea única', la 'semiarrow', la flecha y la 'línea discontinua' conservan su función habitual, mientras que
el tipo 'línea ancha' se usa para denotar un polígono relleno. Los puntos de control son solo
visible en Moverse modo, donde se pueden arrastrar para cambiar la forma de una curva después
está dibujado.

Fijar bonos papa
En el modo de estilo de enlace, hacer clic en cualquier enlace del diagrama cambia su representación a la
tipo seleccionado en el menú desplegable junto al Tipo de Propiedad del botón.

El tipo de enlace adicional disponible en el menú desplegable,

flecha curva

solo está disponible para dibujar. En realidad, es un atajo para uno de los dibujos de curvas.
funciones descritas anteriormente, con el segundo y tercer puntos de control automáticamente
generado. Como tal, no se puede convertir ao desde ninguno de los tipos de enlace convencionales.

(Sin embargo, se puede convertir a cualquiera de los otros tipos de curvas, por ejemplo, para cambiar el tipo de
punta de flecha). Por lo general, la forma de la flecha deberá ajustarse moviendo el
punto de control que aparece junto a él en el modo 'Mover'.

Inserción texto
El texto escrito en el cuadro de texto se puede colocar con el cursor y puede aparecer a la izquierda,
en el centro o alineado a la derecha en el dibujo. El tamaño y el color del texto se pueden seleccionar desde un
lista de opciones. Hay dos caracteres especiales que se utilizarán para subíndices y superíndices.
el siguiente personaje:

'^' para desplazarse hacia arriba (por ejemplo, N ^ +)

'_' para cambiar hacia abajo (por ejemplo, CH_3)

El carácter de control '|' se utiliza para poner en cursiva el siguiente carácter, como en | t-Bu.

Se puede seleccionar un tipo de fuente en negrita, normalmente utilizado para numerar compuestos, precediendo el
carácter con un '#'.

El carácter especial '@' cambia al modo de símbolo, que utiliza el símbolo X11 estándar.
fuente. Todas las teclas alfabéticas producen los caracteres griegos correspondientes en este modo, y
varios otros símbolos están disponibles si sus equivalentes latin1 estándar ya están
mapeado en el teclado:

yen -> infinito

guión -> uparrow

macron -> flecha hacia abajo

Los símbolos 'plusminus' y 'registrado' (marca comercial) ya están en la fuente estándar,
aunque normalmente no están disponibles en el teclado. Utilice los siguientes comandos (o
agregue las declaraciones a su .xmodmaprc ) para que estén disponibles a través de +
( + ):

xmodmap -e 'keysym r = r R registrado' \
-e 'keysym o = o O yen' \
-e 'keysym p = p P plusminus' \
-e 'keysym u = u U guión' \
-e 'keyym d = d D macron'

(esto conduce a AltGr-P = plusminus, AltGr-R = registrado en modo normal y AltGr-O =
infinito, AltGr-U = flecha hacia arriba, AltGr-D = flecha hacia abajo en la fuente del símbolo).

Para diagramas de 'puntos y cruces', las siguientes asignaciones a la fuente del símbolo pueden ser
útil: agudo -> cruz (p. ej., keysym x = x X agudo) punto medio -> punto relleno (p. ej., keysym
d = d D periodcentrado) (usando el signo de grado para el punto abierto).

Las versiones en círculo de los signos más y menos para indicar carga iónica están disponibles como @ +
y @- .

Cuando desee utilizar símbolos como subíndices o superíndices, coloque el subíndice o superíndice
carácter antes del carácter '@', por ejemplo, K_ @ a.

En el modo de texto, el botón derecho del mouse elimina la etiqueta en la posición del cursor. Cambiando
el tamaño, la fuente o el color de una etiqueta se puede hacer haciendo clic izquierdo en ella después de elegir el
combinación deseada de ajustes. Cuando el cuadro de entrada de texto sobre el área de dibujo está vacío,
solo se actualizan los ajustes sin cambiar el contenido de la etiqueta; de lo contrario, el
el texto de la etiqueta también se reemplaza. Si desea copiar el texto de una etiqueta existente al
cuadro de entrada de texto, haga clic en él con el botón central del mouse.

El etiquetado atajos
En todos los modos de dibujo de enlaces, hay varios atajos de teclado disponibles para agregar símbolos de átomos
sin tener que salir del modo de dibujo. La etiqueta se coloca en la posición actual del dibujo.
(el punto final de la última línea dibujada o el punto en el que se hizo clic por última vez).

Las teclas 'c', 'h', 'n', 'o', 's', 'p' y 'r' insertan la correspondiente letra mayúscula, 'l'
(L minúscula) inserta 'Cl', mientras que '1', '2', '3' inserta CH, CH_2 y CH_3, respectivamente. los
La tecla de asterisco (*) inserta un círculo relleno.

Presionar la barra espaciadora una vez le permite ingresar etiquetas arbitrarias, que se colocarán en
la posición actual cuando presiona la tecla Retorno.

Dibujo electrón pares
Las teclas del teclado numérico se pueden utilizar para dibujar líneas cortas de 'par de electrones' junto a un
símbolo del elemento: si uno imagina que el símbolo del elemento se encuentra en la tecla central '5',
cada clave dibuja el par de electrones apropiado para su posición. Cuando se usa junto con el
Tecla Mayús, se dibujan dos puntos en lugar de una línea; simplemente elimine uno de los puntos nuevamente si
necesitas un número impar de electrones.

Numeración átomos
Para numerar rápidamente los átomos de una molécula, cambie a uno de los modos de texto, mantenga presionado
la tecla Control y elija cada átomo en sucesión con el botón izquierdo del ratón. Numeración
comienza en 1, y la secuencia se puede restablecer en cualquier momento haciendo clic con el botón derecho del mouse.
Si necesita usar su propio esquema de numeración, haga clic en el botón central (mientras todavía
manteniendo presionada la tecla Control) hace que tome cualquier número que esté en el campo de entrada de texto.

Centrado
Si no hay suficiente espacio para su molécula, puede ponerla en el medio de la hoja.
con el botón central.

Exportación a extranjero formatos:
Puede exportar sus moléculas como un mapa de bits X, una imagen PNG o EMF, un
PostScript, un archivo de entrada para Brian Smith ' xfigura(1) programa, una versión MDL. 2000 molfile
para el intercambio de datos con paquetes comerciales, un archivo SVG para páginas web XHTML, o en el
Formato PicTeX para inclusión directa en documentos LaTeX. PicTeX, PNG, EMF y
Las funciones de salida Postscript se basan en fig2dev81) programa del transfigurar(1) paquete
y solo están disponibles cuando este programa se detectó en el inicio. Si el fig2sxd(1)
programa está instalado, hay una opción de exportación adicional disponible para el formato OpenOffice SXD.
Del mismo modo, si el programa babel (abierto) está instalado, un menú Exportar adicional que proporciona
el acceso a todos los tipos de archivos admitidos por esta herramienta está disponible.

Puede crear las salidas en diferentes tamaños de acuerdo con la escala de zoom actual.
Los archivos Postscript y PicTeX también se pueden crear a escalas arbitrarias seleccionables en el
menú de archivo de exportación.

Una opción en el menú de configuración se puede configurar para llamar fig2dev en idioma internacional
modo, que automáticamente renderizará cualquier texto escrito en la fuente alternativa (Times) usando
la fuente postscript apropiada para la configuración regional actual (actualmente croata, cirílico,
Checo, húngaro, japonés, coreano, polaco). Ver el fig2dev documentación para más detalles.

Para incluir el archivo PicTeX en su documento LaTeX, necesitará el paquete de macros pictex.
Dependiendo de las versiones que utilice, es posible que también deba cargar el paquete 'color' en el
preámbulo de su archivo LaTeX. Si experimenta mensajes de error 'Se excedió la capacidad de TeX',
aumente el parámetro extra_mem_bot en su texmf.cnf archivo (generalmente en
/ usr / share / texmf / web2c, / usr / local / texmf or / etc / texmf). Pictex es conocido por su inusual
(según los estándares de tex) requisitos de memoria, y la configuración estándar no tiene en cuenta esto
(aunque puede encontrar un comentario a la 'cambie esto si usa pictex' en el texmf.cnf
expediente). Algo como extra_mem_bot = 400000 no debería doler en ningún moderadamente moderno
.

Impresión dibujos
Desde la versión 1.5, la impresión directa de diagramas a un dispositivo de impresión compatible con Postscript (o
más típicamente es posible una cola de impresión que ejecute ghostscript). El tamaño del papel
ampliación, nombre de la impresora y el comando de impresión que se utilizará (actualmente lp(1) lpr(1)
or kimpresora(1)) se pueden almacenar en el Diálogo de configuración.

Seleccionar todos or partes of a dibujo para transformaciones:
Con el botón 'Marcar', puede seleccionar fácilmente partes del dibujo actual adjuntando
ellos con un rectángulo de 'goma elástica'.

Si necesita agregar átomos fuera del área rectangular a su selección, simplemente dibuje
otra goma elástica alrededor de ellos mientras mantiene presionada la tecla Ctrl.

Las partes seleccionadas aparecerán resaltadas en azul y estarán inmediatamente disponibles para

emocionante simplemente arrastre el fragmento a la posición deseada con el mouse mientras mantiene presionado
presionado el botón izquierdo del mouse. (Si solo necesita mover átomos individuales o
enlaces, simplemente puede seleccionarlos y arrastrarlos en el modo 'Mover' sin tener que marcar
ellos primero).

giratorio El movimiento horizontal del mouse se traduce en una rotación suave alrededor del
punto de pivote seleccionado al presionar el botón del mouse

tener tu propiedad sin estar generando ingresos (reflejando) el fragmento sobre un plano de espejo horizontal o vertical a través de
su centro: esto se realiza haciendo clic en el botón de menú correspondiente

proceso de copiar al hacer clic en el botón de menú 'Copiar' se crea una copia exacta del
fragmento ligeramente desplazado al original. La marca es automáticamente
transferido a la nueva copia.

reescalar El movimiento horizontal del mouse se traduce en un aumento o disminución suave de
tamaño del fragmento marcado

eliminando para eliminar el fragmento marcado, simplemente haga clic en el tercero (generalmente el derecho)
botón del mouse después de que esté resaltado.

enmarcado elegir uno de los iconos de la lista desplegable de estilos de marco y corchete
dibuja el objeto correspondiente, por ejemplo, un par de paréntesis redondos, alrededor del
fragmento resaltado.

optimizando al hacer clic en el símbolo 'cubo y escoba' invoca una función que elimina
superposición (duplicar) uniones y etiquetas del dibujo y endereza
líneas que son casi horizontales o verticales.

Adición previamente salvado cifras:
Para agregar otra molécula de un dibujo de chemtool previamente guardado, selecciónelo en el archivo
ventana de selección que aparece cuando presiona el botón 'Agregar'. Un solo clic en cualquier
filename en la lista muestra una pequeña vista previa de la molécula para ayudar en la selección. los
La molécula recién agregada se activa automáticamente para que pueda reposicionarse como
deseado.

Si desea agregarlo a una posición predefinida en otra molécula, puede marcar eso
sitio de adjuntos haciendo clic con el botón izquierdo en él en lugar de arrastrar el rectángulo del marcador. Un pequeño
Aparecerá un punto verde en lo que ahora es la posición de referencia para la nueva pieza. Si ahorras
moléculas con un conjunto de marcadores de este tipo, definirá a su vez su sitio de unión cuando
se agregan a otro dibujo.

Adición una of las predefinido plantillas:
Al seleccionar 'Plantillas' en el menú 'Herramientas', se abre una segunda ventana con una pequeña colección
de estructuras predefinidas. Simplemente haga clic en la imagen de la molécula deseada para agregarla
tu dibujo. La ventana Plantilla se puede mantener abierta durante una sesión de chemtool, si
está oculto por otra ventana, puede moverlo al frente seleccionando el menú 'Plantilla'
en chemtool de nuevo.

Los datos en el sistema de plantillas difieren de los dibujos normales de chemtool solo por el hecho de que
se almacenan dentro del programa y en un formato un poco incómodo (coordenadas xey
enumerados por separado en el archivo de origen templates.h). Estos están destinados a proporcionar una
conveniente conjunto de bases disponible para todos los usuarios, pero no ampliable individualmente (puede utilizar
la función 'Agregar' para sus propias estructuras). Háganos saber si desea información específica.
moléculas agregadas a las plantillas: su nombre o, idealmente, un archivo de dibujo de chemtool regular
es todo lo que necesitamos. (Enviar el email a [email protected])

Importador extranjero presentar formatos:
Chemtool proporciona funciones para importar archivos tanto en el formato PDB utilizado por Protein
Base de datos (y por la mayoría de los paquetes de modelado molecular) y el formato patentado molfile MDL
utilizado por ISISdraw y comprendido por otros paquetes de dibujo de estructura y bases de datos
frente termina.

Como ambos son formatos de archivo 3D, mientras que chemtool solo maneja proyecciones 2D, importadas
las moléculas se leen en un almacenamiento temporal al principio y se muestran en azul en el lienzo.
Esta representación 3D se puede girar con el mouse. Solo después de presionar el botón Volver
La tecla del teclado se convierte en la proyección 2D final que se puede editar. Tiempo
tal importación 3D está en curso, todas las funciones normales de dibujo y edición están deshabilitadas.

Con la importación de archivos de moldes MDL, las etiquetas de átomos de carbono se descartan automáticamente. Para PDB
importar, la cantidad de etiquetado se puede elegir en el cuadro de diálogo de selección de archivos, que ofrece
retención de todas las etiquetas, solo las de átomos que no son de hidrógeno, o solo las que no son numéricas
parte de las etiquetas.

Si el programa babel está instalado, ya sea la versión original escrita por Pat Walters o
el esfuerzo más reciente de OpenBabel: chemtool ofrecerá automáticamente una opción de menú para
importar desde cualquiera de los formatos de archivo compatibles.

Determinando suma fórmula y molecular Peso:
La distribución contiene un programa de ayuda, CHT(1), de Radek Liboska (Praga) para calcular
suma fórmula y peso molecular (exacto) de un archivo de dibujo de chemtool. Tambien es
disponible desde dentro de chemtool para calcular estos datos para la estructura actual o un
marcado fragmento de la misma. CHT puede ser engañado por enlaces duplicados (chemtool no elimina
enlaces superpuestos, como los que podrían resultar de la fusión de sistemas de anillos, automáticamente) y
por el símbolo del 'anillo aromático', por lo que debe evitarlos y comprobar la plausibilidad del
fórmula de suma generada cuando sea posible.

Dibujo funciones no Hoy Disponibles dentro de Herramienta química:
Para funciones que actualmente no son compatibles con chemtool, como funciones generales de dibujo de líneas,
obtener el paquete de dibujo XFig de Brian Smith xfigura es muy recomendable. Sobre el único
Lo que no ofrece es soporte para tipos de línea 'químicos' y ángulos de dibujo, que es
por qué chemtool se escribió como una especie de programa complementario. (Probablemente habrá más
las opciones de dibujo más necesarias agregadas a chemtool con el tiempo, pero duplicando el
más características de propósito general de xfigura parece bastante inútil.)

Use chemtool en línea usando los servicios de onworks.net