Este es el comando cleanasn que se puede ejecutar en el proveedor de alojamiento gratuito de OnWorks utilizando una de nuestras múltiples estaciones de trabajo en línea gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador en línea de Windows o emulador en línea de MAC OS.
PROGRAMA:
NOMBRE
cleanasn - limpiar irregularidades en objetos NCBI ASN.1
SINOPSIS
limpio [-] [-A nombre de archivo] [-C str] [-D str] [-F str] [-K str] [-L nombre de archivo] [-M nombre de archivo]
[-N str] [-P str] [-Q str] [-R] [-S str] [-T] [-U str] [-V str] [-X str] [-Z str] [-a str]
[-b] [-c] [-d str] [-f str] [-i nombre de archivo] [-j nombre de archivo] [-k nombre de archivo] [-m str] [-n camino]
[-o nombre de archivo] [-p camino] [-q camino] [-r camino] [-v camino] [-x ext]
DESCRIPCIÓN
limpio es un programa de utilidad para limpiar irregularidades en objetos NCBI ASN.1.
CAMPUS
Un resumen de las opciones se incluye a continuación.
- Mensaje de uso de impresión
-A nombre de archivo
Archivo de lista de accesiones
-C str Secuencia de operaciones, según las banderas en str:
c Comprimir
d Descomprimir
v Espacios virtuales dentro de la secuencia segmentada
s Convertir el conjunto segmentado en secuencia delta
-D str Limpiar descriptores, según las banderas en str:
t Eliminar título
c Eliminar comentario
n Eliminar el título del conjunto Nuc-Prot
e Eliminar título de Pop / Phy / Mut / Eco Set
m Eliminar título de ARNm
p Eliminar título de proteína
-F str Limpiar características, según las banderas en str:
u Eliminar objetos de usuario
d Eliminar db_xrefs
e Quitar /evidencia y /inferencia
r Eliminar referencias externas de genes redundantes
f Fusionar funciones duplicadas
k Características de las partes o región de codificación del paquete
z Eliminar o actualizar números EC
-K str Realice una limpieza general, según las banderas en str:
b Limpieza de entrada de secuencia básica
p C ++ BasicCleanup (a través de una utilidad externa)
s SeriousSeqEntryCleanup
g GpipeSeqEntryCleanup
n Normalizar el orden de los descriptores
u Eliminar objetos de usuario de NcbiCleanup
c Sincronizar códigos genéticos
d Volver a sincronizar los CDS parciales
m Resincronizar parciales de ARNm
t Resincronizar parciales de péptidos
a Ajustar el empalme de consenso
Promociono al "peor" Seq-ID
-L nombre de archivo
Archivo de registro
-M nombre de archivo
Archivo de macro
-N str Limpiar enlaces, según las banderas en str:
o Vincular el ARNm de CDS por superposición
p Vincular ARNm de CDS por producto
r Reasignar ID de funciones
f Corregir las ID de funciones recíprocas que faltan
c Borrar ID de funciones
-P Opciones de publicación:
a Eliminar todas las publicaciones
s Eliminar el número de serie
f Eliminar Figura, numeración y nombre
r Eliminar comentario
u Actualizar la publicación solo de PMID
# Reemplazar no publicado con PMID
-Q str Informe:
c Recuento de registros
r Informe ASN.1 BSEC
s Informe ASN.1 SSEC
n Informe NORM vs. SSEC
e Informe PopPhyMutEco AutoDef
o Informe de superposición
l Diferencia de país de latitud-longitud
d Log SSEC diferencias
g Diferencia de GenBank SSEC
f diferencia plana asn2gb / asn2
h Diferencia de GenBank de segmento a delta
v Diferencia de SSEC del validador
m Modernizar gen / ARN / PCR
u Búsqueda de Pub no publicado
p Búsqueda de Pub publicado
j Informe de diario no indexado
x Escaneo personalizado
-R Recuperación remota de ID (bases de datos de secuencia NCBI)
-S str Filtro de diferencia selectiva (omitir letras mayúsculas)
s SSEC
b BSEC
Un autor
p Publicación
l Ubicación
r ARN
q Orden de clasificación de los calificadores
g bloque Genbank
k Paquete CdRegion o características de las piezas
m Mover publicación
o Dejar publicación de Bioseq duplicada
d Línea de definición automática
e Línea de definición de Pop / Phy / Mut / Eco Set
-T Búsqueda de taxonomía
-U str Modernizar, según las banderas en str:
g genes
r ARN
p Cebadores de PCR
-V str Eliminar características por gravedad del validador:
r Rechazar
mi error
w Advertencia
i Información
-X str Opciones varias, por str:
d Línea de definición automática
e Línea de definición de Pop / Phy / Mut / Eco Set
n Crear una instancia del título NC
m Crear instancias de títulos de NM
x Títulos especiales de XM
p Instanciar títulos de proteínas
c Crear ARNm para codificar secuencias.
f Corregir protein_id / transcript_id recíprocos
-Z str Eliminar el objeto de usuario indicado
-a str Tipo ASN.1
a Cualquiera (predeterminado)
e Entrada secuencial
b biosec
s Conjunto Bioseq
m Seq-enviar
t Procesamiento por lotes [Cadena]
-b La entrada ASN.1 es binaria
-c La entrada ASN.1 está comprimida
-d str Base de datos de origen
a Cualquiera (predeterminado)
gGenBank
y EMBL
dDDBJ
b EMBL o DDBJ
r SecRef
n NCBI
v Solo secuencias segmentadas
w Excluir secuencias segmentadas
x Excluir EMBL / DDBJ
y Excluir gbcon, gbest, gbgss, gbhtg, gbpat, gbsts
-f str Filtro de subcadena
-i nombre de archivo
Archivo de entrada única (predeterminado en stdin)
-j nombre de archivo
Primer nombre de archivo
-k nombre de archivo
Último nombre de archivo
-m str Modo de archivo plano:
r Liberar
y Entrez
s lentejuelas
d Volcado
-n camino
asn2plano ejecutable (el predeterminado es / netopt / ncbi_tools / bin / asn2flat)
-o nombre de archivo
Archivo de salida único (predeterminado en stdout)
-p camino
Procesar todos los archivos coincidentes en camino
-q camino
ffdiff ejecutable (el predeterminado es / netopt / genbank / subtool / bin / ffdiff)
-r camino
Ruta de resultados
-v camino
asnval ejecutable (el predeterminado es / netopt / ncbi_tools / bin / asnval)
-x ext Sufijo de selección de archivos para usar con -p (predeterminado en .ent)
Use cleanasn en línea usando los servicios de onworks.net
